申请种子经营许可证应向审核机关提交以下材料：
（1）农作物种子经营许可证申请表；（2）验资报告或者申请之日前1年内的年度会计报表及中介机构审计报告等注册资本和固定资产证明材料复印件；申请单位性质，资本构成等基本情况证明材料；
（3）种子检验、加工等设施设备清单和购置发票复印件；种子检验室、加工厂房、仓库的产权证明复印件；晒场的产权证明（或租赁协议）复印件，或者种子干燥设施设备的产权证明复印件；计量检定机构出具的涉及计量的检验、包装设备检定证书复印件；相关设施设备的情况说明及实景照片；
（4）种子检验、加工、贮藏等有关技术人员的资质证明和劳动合同复印件；
（5）农业部规定的其他材料。
实行选育、生产、经营相结合的公司，申请农业部核发农作物种子经营许可证的，还应当提交下列材料：
（1）育种机构情况说明；科研育种设施设备的自有产权证明复印件及实景照片；科研育种和品种试验用地5年以上流转协议复印件；
（2）育种人员的职称（或学历）证明材料及劳动合同复印件；
（3）申请之日前3年的年度会计报表及中介机构审计报告复印件；
（4）品种审定证书或者植物新品种权证书复印件，具有品种自主生产经营权的证明；申请之日前3年申请许可作物的种子经营量、经营额及占全国市场份额的说明及相关证明；自主知识产权品种的种子经营量、经营额说明及相关证明；
（5）申请之日前3年的种子生产基地证明材料，包括制种地点（具体到村）、制种面积、基地村（组）联系人和受委托制种人电话表，以及10份制种合同的复印件，或者土地流转协议复印件；
（6）健全的售后服务体系证明材料，包括售后服务制度和售后服务网络建设情况等；
（7）有效期届满前重新申请的，还应当提供原种子经营许可证有效期内种子生产经营和科研育种情况的证明材料。
申请从事转基因业务的农作物种子经营经营许可证的，还应提供专职管理人员的证明、拟经营品种的审定证书、农业转基因生物安全证书、安全管理和防范措施的情况介绍等材料。
设立中外合资种子企业的，还应向审核机关提交下列材料：
（1）设立外商投资农作物种子企业申请书；
（2）项目建议书和可行性研究报告的批准文件；
（3）设立外商投资种子企业的合同、章程；
（4）合同、章程的批准文件及审批部门颁发的《外商投资企业批准证书》；
（5）外商投资农作物种子企业董事会成员名单及各方董事委派书；
（6）其他应提交的证书、文件。
审核机关收到申请材料之日起20日内完成审核工作。审核时应当对经营场所、加工仓储设施、检验设施和仪器设备进行实地考察并查验有关证明材料原件。具备条件的，签署审核意见，上报核发机关；审核不予通过的，书面通知申请人并说明原因。
核发机关应在收到审核意见之日起20日内完成核发工作。对符合条件的，发给种子经营许可证；不符合条件的，书面通知申请人并说明原因。核发机关认为有必要的，可进行实地考察。
根据《种子法》和《农作物种子生产经营许可管理办法》(农业部令2011年第3号)的规定，种子经营许可证实行分级审批发放制度。
具体包括三类:主要农作物杂交种子及其亲本种子、常规种原种种子经营许可证。由种子经营者所在地县级人民政府农业行政主管部门审核，省级人民政府农业行政主管部门核发;从事种子进出口业务的公司的种子经营许可证和实行选育、生产、经营相结合，注册资本达到1亿元以上的公司的种子经营许可证，由种子经营省级人民政府农业行政主管部门审核，农业部核发;其他农作物种子经营许可证，由种子经营者所在地县级以上地方人民政府农业行政主管部门核发。
申请种子经营许可，应当根据《办法》第十七条规定提交相关材料。审核机关自受理申请之日起20个工作日内完成审核工作，对经营场所、加工仓储设施、检验设施设备进行实地考察并查验有关证明材料原件，具备规定条件的，签署审核意见，上报核发机关。审核不予通过的，书面通知申请人并说明理由。
核发机关自收到申请材料和审核意见之日起20个工作日内完成核发工作，认为有必要的，可以进行实地考察。符合条件的，发给种子经营许可证并予公告。不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。
种子经营许可证有效期为5年。在有效期内变更许可证标注项目的，应当按照原申请程序办理变更手续，并提供相应证明材料。经营许可证其满后继续从事种子经营的，种子经营者应当在期满6个月前重新申请。需要强调的是，依据《行政许可法》，申请办理种子经营许可证，不需缴纳任何费用。