一、叶绿素不同
1、绿藻：色素中以叶绿素a和b最多，还有叶黄素和胡萝卜素，故呈绿色。
2、蓝藻：含叶绿素a，不含叶绿素b。
二、生长环境不同
1、绿藻：绿藻多见於淡水，常附著於沉水的岩石和木头，或漂浮在死水表面；也有生活於土壤或海水中的种类，浮游种类是水生动物的食物或氧的来源。
2、蓝藻：有些蓝藻可生活在60～85℃的温泉中；有些种类和菌、苔藓、蕨类和裸子植物共生；有些还可穿入钙质岩石或介壳中(如穿钙藻类)或土壤深层中（如土壤蓝藻）。
三、价值不同
1、绿藻：绿藻在植物进化的研究中也很重要；据认为单细胞的衣藻与陆地植物的祖先相似，贮藏的营养物质主要为淀粉和油类。
2、蓝藻：有不少蓝藻（如鱼腥藻）可以直接固定大气中的氮（原因：含有固氮酶，可直接进行生物固氮），以提高土壤肥力，使作物增产。还有的蓝藻为人们的食品，如著名的发菜和普通念珠藻（地木耳）、螺旋藻等。
参考资料来源：
1、绿藻是真核生物,蓝藻是原核生物。
2、繁殖方法不同：绿藻是无性生殖和有性生殖，蓝藻是营养繁殖或产生孢子以无性繁殖。
3、形态特征不同：绿藻植物的细胞与高等植物相似，也有细胞核和叶绿体，有相似的色素、贮藏养分及细胞壁的成分。蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和水面液泡等细胞器，唯一的细胞器是核糖体。
繁衍方式：
蓝藻：
蓝藻的繁殖方式有两类，一为营养繁殖，包括细胞直接分裂（即裂殖）、群体破裂和丝状体产生藻殖段等几种方法，另一种为某些蓝藻可产生内生孢子或外生孢子等，以进行无性生殖。孢子无鞭毛。目前尚未发现蓝藻有真正的有性生殖。
绿藻：
绿藻门植物的繁殖方式也多样，无性生殖和有性生殖都很普遍，有些种类的生活史有世代交替现象。有通过营养繁殖、无性植物繁殖的;而有性繁殖的方式多种多样。同配、异配和卵配都有存在。绿藻通常会有包含纤维素的细胞壁，进行无中心粒的开放有丝分裂。 有性生殖常见，其配子有2或4条尾鞭型鞭毛。无性生殖有裂殖(原球藻属)、段殖或产生动孢子和不动孢子(丝藻属、鞘藻属)等方式。
本回答被网友采纳蓝藻是原核生物，又叫蓝绿藻 蓝细菌；大多数蓝藻的细胞壁外面有胶质衣，因此又叫粘藻。在所有藻类生物中，蓝藻是最简单、最原始的一种。蓝藻是单细胞生物，没有细胞核，但细胞中央含有核物质，通常呈颗粒状或网状，染色质和色素均匀的分布在细胞质中。该核物质没有核膜和核仁，但具有核的功能，故称其为原核（或拟核）。在蓝藻中还有一种环状DNA——质粒，在基因工程中担当了运载体的作用。和细菌一样，蓝藻属于“原核生物”。它和具原核的细菌等一起，单立为原核生物界。所有的蓝藻都含有一种特殊的蓝色色素，蓝藻就是因此得名。但是蓝藻也不全是蓝色的，不同的蓝藻含有一些不同的色素，有的含叶绿素，有的含有蓝藻叶黄素，有的含有胡萝卜素，有的含有蓝藻藻蓝素，也有的含有蓝藻藻红素。红海就是由于水中含有大量藻红素的蓝藻，使海水呈现出红色。
绿藻植物的细胞与高等植物相似，也有细胞核和叶绿体，有相似的色素、贮藏养分及细胞壁的成分。色素中以叶绿素a和b最多，还有叶黄素和胡萝卜素，故呈绿色。贮藏的营养物质主要为淀粉和油类。叶绿体内有一至数个淀粉核。细胞壁的成分主要是纤维素。游动细胞有2或4条等长的顶生的尾鞭型的鞭毛。
绿藻的体型多种多样，有单细胞、群体、丝状体或叶状体。繁殖的方式也多样，无性生殖和有性生殖都很普遍，有些种类的生活史有世代交替现象。本回答被网友采纳
蓝藻是咸水藻，代表植物是螺旋藻
绿藻（小球藻）
蓝藻（螺旋藻）
