这是我在原文的基础上修改的
城堡爆炸后，C17被完全摧毁，可以说在东欧的联合军已经孤立无援，然而，城堡爆炸前发射出去的数据致使地球上的联合军与联合军高层世界取得了联系，城堡废墟上再次形成了一个巨大的超级传送门的雏形，传送门一旦形成，联合军便可再发动一次真正的入侵战争。
爱丽克斯与戈登所乘坐的火车在爆炸中翻车，不过两个人都活了下来。戈登他们俩利用废弃的电台同白森林方面与克莱纳他们取得联系，然后决定去白森林把拷贝出来的数据交给克莱纳等人，然后利用数据关闭联合军的传送门。联合军方面则一刻也没有放弃搜索他们，联合军在C17周边的剩余部队已经开始集结，准备夺回他们的数据。
当在去白森林的路上，戈登突然被倒塌的废墟压垮，冲出了一只蓝色身躯——捕食者。爱丽克斯被一只联合军的捕食者击伤并晕了过去，正当有蚁狮飞来准备享用爱丽克斯这个人类肉体时，刚好弗地冈人赶到，救了爱丽克斯和被埋在废墟的戈登。弗地冈又向各方远处呼叫了弗地冈人伙伴来急救爱丽克斯。在送到了在地下坑洞的反抗军据点后，弗地冈人说这时的爱丽克斯需要戈登进入蚁狮巢穴内取得萃取物来治疗爱丽克斯，于是戈登与一名弗地冈人战士冒险潜入了蚁狮洞的深处，在与蚁狮洞里的蚁狮工兵与蚁狮卫兵一翻追捕后，得到了蚁狮卵的萃取物，然后救了爱丽克斯一命。突然这时，gman再次闯入了弗里曼的世界，以命令的口吻逼迫戈登要把爱丽克斯安全的护送到白森林，然后让爱丽克斯向伊莱传话：“准备接受出乎意料的结果”。
爱丽克斯醒来后，与戈登、一名弗地冈一起在旧的化工厂里，找到了一辆车，两人座位。随后爱丽克斯与戈登便利用这辆车踏上了前往白森林的路。
在路上意外发现了一只联合军探员卵，并破坏了他的维生系统，结果联合军探员逃跑了，不过却引来了联合军的重兵，他们击溃了联合军的围堵，来到了一个反抗军据点，过程中追来了联合军的猎捕直升机，戈登利用直升机扔下来的蜘蛛雷哑弹，回击了直升机，当解决后，反抗军的战友们帮助他们维修了刚刚在交战中破损的车，并追加了一个物品探测器，能找到隐藏的补给。
之后，爱丽克斯与戈登的车还遭遇到过联合军的埋伏，不过联合军都未得逞。
最终，爱丽克斯与戈登到达了白森林的火箭基地，在谈话过后，此时2号发射井发生了故障，马格奴森博士要弗里曼来解决，没想到故障的原因竟是联合军的破坏。联合军的军队发现了火箭基地的位置，并把兵力从2号发射井空降至基地内部，戈登及时来到了2号发射井的控制室，关闭了井门。
随后，伊莱、爱丽克斯、克莱纳与戈登破译了带回来的数据，看到莫斯曼在北极发现了光圈科技的遗迹——“北极光号”研究船，莫斯曼的生死未卜。克莱纳决定利用 “光圈科技”的强大力量来对付联合军，但伊莱坚决反对。爱丽克斯在向伊莱传递了gman的话后，伊莱差点晕了过去，并一再警告戈登，一定要摧毁那艘船。
此时，联合军准备利用三脚机甲部队进攻摧毁马格奴森的火箭，戈登在马格奴森的指导下，学会了使用马格奴森装置——一种对付三脚机甲的黏性炸弹。联合军进攻了，一场激烈的高潮战斗拉开序幕，戈登把马格奴森装置放到车后，驾车冲向了战场。戈登需利用重力枪吸住黏性炸弹扔向三脚机甲身上，在利用枪械引爆炸弹。三脚机甲当然有所准备，利用联合军精英与捕食者组成的编队掩护进攻......
这时仅存的反叛军也加入了战斗，在白森林处设置了几个木屋补给点，当弹药耗尽时可供给。利用一种小型传送的装置传来了马格奴森炸弹，但可需要小心被联合军的支援部队击破。
戈登终于歼灭了联合军的进攻部队，保住了马格奴森的火箭。克莱纳等人将数据打包进了火箭中的卫星中，然后发射了出去，空中半形成的传送门，随即立刻崩溃了，这时全人类都叹了一口气。
接下来，爱丽克斯与戈登决定乘直升机去北极圈寻找莫斯曼，伊莱在他们临走前突然冒出联合军探员，并利用自身控制的牵引力将人甩出去，戈登与爱丽克斯悬空起来，伊莱却不受牵引力的控制站了起来，再一次警界戈登要摧毁那艘北极圈的船，不惜代价，并拿着水管砸向联合军探员。突然又冒出一只联合军探员，用吸脑管刺向伊莱头部，这时的爱丽克斯已经要无法承认现实。就在下一个轮到爱丽克斯时，幸亏阿狗的出现，救了爱丽克斯与戈登，但爱丽克斯失去了她的父亲......
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