张锡纯三十岁左右才学习“西人西书”。开始他喜欢西医讲解新异。后来，钻研了十年，又认为西医新异文理，原多在中医包括之中。于是，中医包括西医之说，就成为他衷中参西工作的理论根据。所谓衷中参西，就是试图以中医为主体，沟通中西医，以发展祖国医学。他从理论到临床，从生理到病理，从诊断到用药，全面进行了尝试。就以他用药来说，多喜取西药之所长，以补充中医的不足。他认为，西医用药在局部，是重在病之标；中医用药求原因，是重在病之本。治病原就应当兼顾标本。因此中药西药可以配合使用。
在四十多年的治疗工作中，他不厌其烦，有始有终地建立了医案。他的医案于立案法度、记载项目，尤能要言不烦，简而不漏，首尾完整，层次也井然，可为医案的范例，后来的津梁。他认为，积累医案和病历，是在实践中研究医学的一种重要方法，也是习医不不泥于古的一个条件。他从中得益不少。后来，那些医案成了《医学衷中参西录》的一个组成部分。
当时，《奉天医学杂志》、《上海中医杂志》、《医界春秋》、《杭州三三医报》、《治口中西医学杂志》、《新加坡医学杂志》等报刊，均先后聘他为特约撰稿人。他在这些报刊上发表了许多有创见的医学论著。后来，他汇集十八年的经验，在方后缀以诠解与紧要医案，又兼采西人之说与方中义理相汇通，编成了《医学衷中参西录》。这是他一生临床的经验总结，刻苦研究医学的心血结晶。从辨证论治到选药主方，均切近实际，讲求实效，并有不少独创见解。生前，此书曾分期刊行，流传颇广，受到当时医学界的推崇与欢迎，被称为我国中医界“第一可法之书”。孙蕊榜为此书题词说：“费尽心神五十秋，中西合撰几研究；瑶编字字皆珠玉，普济苍黎遍九州”。书中前三期是他编的，以方为目，随方附论。总共论述了阴虚劳热、喘息、阳虚、心病、肺病等三十五类病证，一般从生理和病案等几个方面进行论述，并附录了西医的有关理论和治法。由于第四至第七期，是由其子及门人编的，分别为药物学讲义，医论、医案、伤寒论讲义。全书载方一百八十九首，简要适用，其中有一百六十余方，是他自拟的，有实用价值，颇为一般中医所喜用。
虽然他受历史条件和他的世界观的限制，他的学术思想没有摆脱当时的改良主义的影响，存在不少唯心主义的观点，但是他在医学上的贡献，尤其在中西医汇通上所做的各种尝试，是不可抹杀的。他不愧为近代勇于实践的医学家。
