首先建议你把这些问题直接跟你的指导教师沟通，我想他会给你很明确到位的答案的，对你的研究思路也会非常有帮助。
下面是根据我个人的理解给出的答案或者建议：
一、镜检的目的应该是让你熟悉
枯草芽孢杆菌的个体形态、芽孢特点，这些都是进一步菌种分类地位鉴定工作的需要。
二、生理生化实验目的同上，应该主要是为了鉴定菌株的分类地位，或者让你熟悉掌握菌种鉴定的流程。也不排除研究该菌株的特定功能的需要。
三、菌落形态是菌种鉴定的重要依据，但不是
充要条件，如果严格鉴定该菌株的分类地位的话，需要采用多项分类法，从多个角度，运用多种不同原理的方法技术对菌株进行分析，综合判定。常规步骤有三：
1、形态鉴定：个体形态、群体形态、
革兰氏染色、基本结构、特殊结构等等
2、分子鉴定：提取纯菌的DNA样品，对16SrDNA进行扩增，测序，将测序结果在NCBI网站上进行BLAST，可初步确定至“属”一级分类单元。
3、理化分析：进行碳氮源利用、产酶特性、代谢产物等鉴定特征的检测，检测项目需要根据前两项分析的结果，结合
《伯杰氏系统细菌学手册》进行。一般需要检测至少20项以上的理化指标，多者可达100项以上。一般可鉴定至“种”一级分类单元。
如果以上三步仍然不能确定该菌株的分类地位，则需要进行更深入的分析，例如DNA杂交、化学成分分析等，必要的时候可以进行全序列测定。
四、一般用于 细菌鉴定的生理生化 有淀粉水解试验、糖发酵试验、
甲基红（MR）试验、vp试验、明胶液化试验、硫化氢产生试验等等。建议参考《伯杰氏系统细菌学手册》或者东秀珠老师编著的
《常见细菌系统鉴定手册》。另外一般的教学或者验证性试验，可查询普通
微生物学实验手册即可。