按照财税[2009]59号文件规定，符合条件的企业重组可以选择一般性税务处理或特殊性税务处理，不同的处理方式对各方缴纳的企业所得税的影响也是不同的。因此，要求各方取得一致的意见，选择相同的所得税处理方式，再按规定向各自主管税务机关申报纳税或税务备案。《管理办法》第四条规定，同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。
一般性税务处理的企业需要清算
企业重组业务，主要是指企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等各类重组。企业重组业务不符合特殊性税务处理的，或虽然符合但选择一般性税务处理的，有以下三种情况的企业需要按照《财政部国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）规定进行清算：一是由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区）的法人企业；二是企业合并中的被合并企业；三是企业分立中，被分立企业不再继续存在的被分立企业。而其他债务重组、股权收购、资产收购重组的重组各方企业不涉及清算，只需要按照规定准备相关资料，以备税务机关检查。
《管理办法》第十五条同时规定，对于按一般性税务处理的重组各方，存续企业可以按规定继续享受原税收政策，而注销企业和新设企业不再享受或承继原税收优惠政策。
特殊性税务处理需要备案或由主导方申报确认
按照税法（财税[2009]59号）规定，企业重组业务符合特殊性重组条件，并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。如果重组各方企业对此项重要业务的税务处理没有把握或者分步实施，需要税务机关及时确认的，也可以按规定向税务机关提出申报确认。《管理办法》第十六条规定，企业重组业务，符合《通知》规定条件并选择特殊性税务处理的，应按照《通知》第十一条规定进行备案；如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。企业重组主导方，按以下原则确定：（一）债务重组为债务人；（二）股权收购为股权转让方；（三）资产收购为资产转让方；（四）吸收合并为合并后拟存续的企业，新设合并为合并前资产较大的企业；（五）分立为被分立的企业或存续企业。
由于重组业务复杂，需要满足一定的条件，因此，税务部门在确认税务处理方式时，需要一定的相关资料进行判断。《管理办法》就每一种重组方式需要的相关资料，对重组各方提出了具体的要求。如企业重组具有合理的商业目的说明内容、债务重组应准备的资料、股权收购业务应准备的资料、资产收购业务应准备的资料、企业合并、分立应准备的资料，以及其他应提供和准备的资料都作了详细的规定。重组各方相关资料搜集不全，准备不充分的，将不能被税务机关备案或确认。
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