一、高温灭菌
1、干热灭菌
适用较少，一般物品不耐这么高的温度，主要对油剂、粉剂进行灭菌。
2、压力蒸汽灭菌
最成熟的灭菌方式，医院灭菌的首选，适用范围广，灭菌彻底。
3、流通蒸汽灭菌
采用100摄氏度流通蒸气加热杀灭微生物的方法，灭菌时间通常为30-60分钟。该法适用于消毒以及不耐高热制剂的灭菌，但不能保证杀灭所有芽孢，是非可靠的灭菌方法，现在使用较少。
4、水浴灭菌
一般用水浴式灭菌器进行灭菌。水浴式灭菌柜利用过热循环水作为灭菌加热载体，对物品进行水淋式灭菌操作。在整个工作过程上，过热水运行于一个相对封闭的循环系统。该设备具有热效高、温度均匀性、温度调控范围宽等一系列优点。并且有效防止工作过程中的二次污染，辅以反压保护措施。该设备能广泛应用于制药行业对玻璃瓶装、安瓿瓶装、塑料瓶装、塑料软袋装等液体进行高、低温灭菌操作，同时也适用于食品行业对各种密封包装、饮用液、罐头食品进行高、低温灭菌操作。
二、低温灭菌
1、环氧乙烷灭菌
穿透力强，灭菌广，彻底。缺点是环氧乙烷的使用流程均需监控，灭菌后得解析时间长。
2、低温等离子体灭菌
与上者相仿，但穿透力，灭菌范围都不及环氧乙烷。优点是灭菌流程无任何污染物质。
3、低温甲醛蒸汽灭菌
优点：①安全:整个处理过程完全在负压下进行 ,不会产生气体的泄漏 ,而且程序完成时灭菌器的真空泵会将遗留在物品和内室中的甲醛迅速排到下水道; ②快速:灭菌时间需要 30 min ,其通风时间需要 4 h～6 h ,相对来说速度较快; ③经济:市场上容易获得甲醛 ,而且价格便宜; ④可靠。
.缺点：①灭菌速度速度 介于环氧乙烷低温灭菌和过氧化氢等离子体灭菌器之间。②甲醛有毒，尽管目前低温蒸汽甲醛灭菌器已经完全解决了残留和排放的问题，但对使用者心里层面还是有一定影响。
三、辐照灭菌
制药行业常用。穿透力强，操作简便，速度快，可在常温下灭菌，辐射剂量适当，不会破坏药品的有效成分，亦不会对人产生伤害，且有灭菌后较长时间控制细菌的再增殖等优点。
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