1、疆域范围不同。商鞅变法中的建立县制，由于当时秦国没有统一天下，所以县的面积范围不大，秦朝统一六国，面积大大增强，郡县范围也随之变大。
2、所赋予的职权有所不同。商鞅变法时期的郡县属于战时体制，主要是为了保证战争需求，秦始皇建立郡县制主要是为了民政管理。
3、权力大小不同。商鞅变法中的县，地方贵族势力还是十分强大，到了秦始皇建立郡县制，贵族政治彻底退出历史舞台。
扩展资料：
郡县制并不是始于秦始皇，甚至也不是起源于秦国。早在秦始皇之前大约四百五十年的春秋时代楚武王时期，楚国就部分推行了县制。
战国时期商鞅在秦国变法，郡县制开始大力推行，其他诸侯国也相继这么做了。不过，在秦始皇统一天下之前，各国的县都是大于郡的，所谓郡县制实际上是县郡制。
秦始皇不仅把县郡制改为郡县制，更是在全国普遍推行郡县制。县郡制或郡县制把早先世袭的地方管理制度改变为由中央任命贤者为长官的非世袭制。
这一制度的建立是在废除井田制的前提下实现的，西周奴隶制基础被严重动摇，封建地主阶级专政制度开始建立起来，社会生产力得到解放，这当然是历史的伟大进步。
秦始皇全面实行郡县制，并制定了诸如三公九卿、奖励耕织、筑长城、修驰道、统一文字和度量衡等一系列有利于地主阶级专政的制度。
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