国六柴油车的弊端：柴油车震动大、噪音高、体积大、价格贵、油耗逐步升高、容易堵喷油嘴和油泵。
国六柴油车制造成本高、对燃油品质要求高、重量高。柴油机的燃油喷射装置，极其精密制造难度大，如果使用了劣质燃油会严重缩短喷射装置的寿命。由于，柴油机压缩比很高，需要很高的结构强度，因此重量、体积会比较大。
国六柴油车价格更加昂贵，因为车企需要投入大量的时间资金来进行研发，才能保证它的快速面世，所以很可能会出现同一款车型、同样的配置，但就是因为排气标准的不同，国六的价格会比国五的价格更加昂贵，可能会导致一些想要买车的朋友望而却步。
国六柴油车随着长时间的使用，油耗会变高，国六发动机都有的DPF（柴油机颗粒物捕集器），现在的燃油国六来说，他就要求不但要加尿素，还要DPF。如果使用低灰分的国六机油，那么DPF收集的碳烟就可能会造成堵塞排气管，从而影响排气，导致发动机的动力减弱，油耗也在一定程度增高。
国六标准是目前世界上最严格的排放标准之一，“国六b”与国五标准相比，氮氧化物排放将下降42%，颗粒物下降33%，挥发性有机化合物蒸发排放限值下降65%，总碳氢化合物（THC）和非甲烷碳氢化合物（NMHC）分别下降50%。国六柴油车和国五柴油车的区别有以下8点：
1、测试循环不同。国六标准用更加严格的测试要求，例如提高试验车辆的重量，要求轮胎规格必须与量产车一致等措施，有效避免了汽车企业利用标准漏洞在实验室测试中得到一个漂亮的数据，但是在实际使用中却不尽人意的行为。
2、限值要求加严，相比国五加严了40%-50%左右，另外，国六标准根据燃料中立原则，对汽柴油车采用了相同的限值要求。
3、相比国五新增加了实际道路行驶排放，第一次将排放测试从实验室转移到了实际道路，要求汽车既要在实验室测试达标，还要在市区、郊区和高速公路上，在车辆正常行驶状态下利用便携式排放测试设备进行尾气测试，结果也必要达到标准规定要求，能够有效避免类似大众排放门之类的排放作弊行为。
4、加严了蒸发排放控制要求，国六标准对车辆在停车、行驶以及高温天气下的汽油蒸发排放控制提出了严格要求，同时还要求车辆安装ORVR油气在线回收装置，增加了对加油过程的油气控制。
5、增加了排放质保期的要求，即要求在3年或6万公里内，如果车辆的排放相关出现故障和损坏，导致排放超标，由汽车生产企业承担相应的维修和更换零部件的所有费用，切实保障了车主的权益。
6、提高了低温试验要求，相比国五的CO和HC限值加严1/3，同时还增加了对NOx的控制要求，能够有效控制冬天车辆冷启动时的排放。
7、引入了严格的美国车载诊断系统（OBD）控制要求，全面提升了对车辆排放状态的实时监控能力，能够及时发现车辆排放故障，保证车辆得到及时和有效的维修。
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