南京航空公司有：中国民用航空大学江苏飞行学院和东方航空集团南航总部。
中国民用航空大学江苏飞行学院：作为南京的一所知名航空学府，它在国内的航空教育和研究方面扮演着重要的角色。学院主要提供关于飞行、空中交通管制和飞行器动力学的专业教育，致力于培养高素质的航空专业人才。该学院与国内外多家航空公司有紧密的合作关系，为学生提供了丰富的实践机会。
东方航空集团南航总部：南京不仅是航空教育的重镇，也是国内航空产业的重要基地之一。东方航空集团作为中国的主要航空公司之一，其南航总部设在南京，承担了国内外航线的管理运营和航班调度等重要任务。南航总部涵盖了飞行运营、安全管理、市场营销等多个关键部门，是东方航空集团在国内的核心枢纽之一。
同时，该总部也致力于研发和应用先进的航空技术，为提升航空服务质量和效率做出贡献。此外，该公司在南京周边还设有多个机场作为重要的运营基地。因此，东方航空集团在南京的发展对整个华东地区的航空交通都具有重要意义。