法律分析：如果在不是工业用地或建筑用地的土地上建工厂的话，属于对土地使用性质的变更，需要经过住建部分的许可，否则属于违规。只要是合法建设的是可以办理产权证的。如果不能办理产权证，可以按一般账务处理，建筑物在建工程在完工后并投入使用后，可记入固定资产。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》
第四十三条 任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡镇村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征用的原属于农民集体所有的土地。
第四十四条 建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。本条第二款、第三款规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。