一、定位不同
1、总经理助理：总经理助理处于“总管家”与“部管部长”的双重位置，围绕着中心工作，上协调领导，下联系群众，事务、政务都要过问。与总经理、副总经理等一起并称公司高层人员。国企中总经理助理一般是升为副总经理前的过渡职务。
2、秘书：写字楼及商业机构内的文员职位，专长是速记、打字、安排日程、会议、订机票、订酒店等。
二、工作职能不同
1、总经理助理：起草公司工作计划总结，并作好公司重要会议记录；起草、存档整理总经理签发文件；公司管理制度、规章制度，网页设计方案书、合同书，公司总体运行配合;接听电话、妥当应答，并做好电话记录；掌握总经理的日程安排做好预约工作，安排商务旅行。
2、秘书：按秘书的从属和服务对象的角度，可分公务秘书和私人秘书两类。以秘书在组织内部的工作分工来分，可以分为：行政秘书、机要秘书、生活秘书、会议秘书、文字秘书、信访秘书、公关秘书。
以秘书从事工作的行业特征来分，可分为法律秘书、医药秘书、教育秘书、体育秘书、军事秘书、参谋秘书、财经秘书、综合秘书、涉外秘书、事务秘书、翻译秘书等。
三、发展方向不同
1、总经理助理：在总经理领导下负责办公室的全面工作，努力作好总经理的参谋助手，起到承上启下的作用，认真做到全方位服务。协助总经理调查研究、了解情况并提出处理意见或建议，供集团领导决策。协助总经理作好经营服务各项管理并督促、检查落实贯彻执行情况。
负责各类文件的分类呈送，请集团领导阅批并转有关部门处理。负责校内外上下互通信息、左右协调。作好接待工作、来信来访，及时处理反馈师生反映的后勤保障方面的意见、建议。
2、秘书：男秘书在未来也将有广阔的发展前景，专家指出，男秘书在很多方面其实更具优势。例如男秘书通常言语较少，注重实质性和程序性的工作；做事富有条理性，很少将不良情绪带到工作中，并能适时帮助领导分担一些体力劳动。
专家建议，男领导搭配男秘书，其实在理论上是最合适的，因为彼此的工作方式更接近，交流的阻碍更少，也易于杜绝腐败和浪费。
参考资料来源：百度百科-秘书
参考资料来源：百度百科-总经理助理