农村不动产证的办理流程一般如下：1、向行政服务中心不动产登记窗口申请办农村自建房手续，提交证明材料；2、符合条件的，不动产登记机构会接受申请；3、接着工作人员审查受理的农村自建房的申请事项、材料的一致性和合法性；4、经审核符合登记条件的，工作人员会把农村自建房的办理手续事项记在登记本；5、领不动产权证书。法律依据：《不动产登记暂行条例实施细则》第四十一条，办理农村不动产权证，1、申请：由房屋登记申请人向行政服务中心不动产登记窗口提出农村自建房的办理手续申请，并提交相关证明材料；2、受理：对符合农村自建房的办理手续条件的登记申请予以接受；3、审核：对受理的农村自建房的办理手续申请事项进行审查，对材料的一致性、合法性进行审核；4、记载于登记簿：经审核符合登记条件的，将申请农村自建房的办理手续事项记载于登记簿；5、领取《不动产权证书》。