一、性质不同
1、港口集团公司：依据《公司法》等法律规定，按照现代企业制度要求组建的省属国有独资港口集团。
2、港务局：属于当地政府，属于行政机关。
二、功能不同
1、港口集团公司：为港口经营提供建设、疏浚、设备技术维护、提供专业化装卸设备；利用比较完善的港口后勤综合服务专业队伍和设施，为企业提供人才培训、生活服务、通勤保障、机关事务管理等专业化服务。
2、港务局：主要从事集装箱、煤炭、原油、铁矿石、粮食等各类进出口货物的装卸、储存、中转、分拨等物流服务和国际国内客运服务。
三、特点不同
1、港口集团公司：以港口为依托，向两端延伸，提供全程物流服务；以货流为依托，开展物流增值服务；叠加资金流开展金融物流服务等。
2、港务局：负责水路运输行政管理，依法实施水路运输经营许可。依法对国内水路运输市场秩序实施监督管理。负责本地区（部、省属单位除外）船舶修造业的行业管理。
参考资料来源：
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