一、指代不同
1、基因重组：指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因重新组合。
2、转基因：指利用DNA重组、转化等技术将特定的外源目的基因转移到受体生物中，并使之产生可预期的、定向的遗传改变。
二、原理不同
1、基因重组：发生在二倍体生物的每一个世代中。每条染色体的两份拷贝在有些位置可能具有不同的等位基因，通过互换染色体间相应的部分，可产生于亲本不同的重组染色体。
2、转基因：转基因技术是指将一种生物的优良基因利用基因重组原理整合到另一种生物的基因组里，从而使获得优良基因的生物的基因得到改善并能进行表达和遗传，进而使生物获得优良性状如抗虫性、抗逆性、抗倒伏、抗盐碱性等。
三、作用不同
1、基因重组：来源于染色体物质的物理交换，减数分裂前期，每条染色体有4份拷贝，所有的4份拷贝紧密相连，发生联会。这个结构称为二阶体，二阶体的每条染色体单元称为染色单体，染色体物质的两两交换就发生在不一样的染色单体（非姐妹染色单体）之间。
2、转基因：主要运用在转基因育种方面，我国政府对转基因技术一向重视，作为世界人口大国，转基因技术的利用可以有效地缓解环境压力和经济压力。如作物的抗虫性可以减少农药使用、间接保护环境，耐除草剂性可以减少资源的浪费进而提高粮食产量。
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