菱湖镇古名“秀溪”，又名“凌波塘，原是被用来种菱的大湖。每年秋季“丛丛菱叶随波起，朵朵菱花背日开”，盛产菱，因名“菱湖”。江南水乡菱湖镇，早在唐朝的宝历元年（公元825年），湖州刺史崔元亮修建凌波圹，建造秀溪桥，就形成了集市。菱湖“尤多水产，商贾四集，号为水市”。逐步形成集镇。因“其地宜菱，以旁菱湖而名。”于是，凌波，秀溪，龙湖则成了镇的别名。
菱湖以菱而名，以丝而丰，以渔而盛。早在4700多年前，菱湖先民就织出丝带和绸绢织物。
战国时，菱湖就已人工畜鱼，汉末开始掘地成荡，人工养鱼，唐朝时菱湖就有繁华的“水市”，明清时遂成江南人工养鱼中心。6万亩桑地和11万亩鱼荡，相连相依，蔚为壮观，是联合国教科文卫组织和国际地球物理基金会赞赏的我国唯一保留完整的传统生态农业—桑基鱼荡。
秦汉时，就称桑树“有地即栽，无一旷土”。菱湖建制，始建于唐，盛于明，称湖州府东南雄镇。唐朝时，菱湖丝织品已列为贡品。宋朝时，“茧泊山立，缫车之声，连甍相闻”。明清时期，菱湖蚕丝产量、质量，均湖州府第一，为“甲天下”的湖丝之冠，是明清时期江南丝市三大市场之一。菱湖蚕丝产量占湖州市的24%、浙江省的10%。菱湖是全国三大淡水鱼商品生产基地之一，年产淡水鱼4.3万吨，占湖州市的60%。
北宋时，罢镇将，设巡检寨，属归安县。南宋时兴市厘，建桥修路，设务关掌茶酒税务，设四栅，初具市镇规模，明朝洪武15年（公元1382年）设菱湖镇，置税库局务官，设预备仓；成华年间设湖秀巡检署，后设思溪河泊所。至明朝嘉隆万年间（1522--1620年）经济繁荣，蚕丝发达，池荡人工养鱼遍布，成为“东南巨都”，“归安雄镇”清朝乾隆年间以后，归安县主薄署移驻菱湖，设厘税局，而基本上进入相当繁荣时期，“第宅云连，蔚为冠盖”。清朝光绪2年（1876年）人口达6656人，成为湖州府第一大镇。
菱湖是江南水乡典型的“鱼米之乡”、“丝绸之府”。江南水乡，主要指长江以南、太湖流域、苏南、浙北一带地区。江南水乡自古即有“苏（州）湖（州）熟，天下足”之美称。南宋以来，江南地区经济发达，文化兴盛，形成众多充满人文气息的古镇。菱湖镇“九墩十三浜”，依河而存，因水成街，因水成市，粉墙黛瓦，小河、小桥、酒肆茶楼，构成了浓郁的江南水镇的美妙画卷。
1912年民国废归安，乌程两县，合并为吴兴县，菱湖为县属镇。 1949年4月28日，菱湖和平解放。1950年至1954年为吴兴县委县政府所在地。建国后，是吴兴县直属镇。
1986年11月，溪西乡并入菱湖镇，辖18个居委会、16个行政村。
1987年9月，湖州至菱湖公路通车。
1991年，举办首届龙湖文化艺术节。
1993年5月，撤小区建大区，成为菱湖区首位镇。
1995年，被评为浙江省社会治安综合治理先进镇。被列为湖州市中心城市的六大辅城之一。
1996年，被列为浙江省首批小康镇。
1997年9月，菱湖自来水厂投资千万元搬迁取水口工程。
1998年，被列为省第二批小城镇综合改革试点镇。
1998年，兴建湖州至菱湖快速干道和建设跨径为576米的菱湖公路特大桥；
1998年，省二级重点中学——菱湖中学实施易地新建，总投资3000余万元。
2003年，国务院批准设立南浔区，菱湖区撤销，菱湖镇整体划归南浔区，现为省级中心镇。
菱湖则成为著名的省级教育强镇，菱湖中学乃湖州属镇中唯一的省一级重点中学（前身为青树中学由实业家章荣初先生创办）。
