电子商务对企业带来的挑战如下：
一、对市场运作模式的影响
企业是市场竞争的主体，市场又是企业生存发展的基本条件。市场运作模式的优劣在一定程度上代表着某一时期经济发展水平的高低。
工业经济时代的市场模式必须有许多中间环节，企业与消费者之间需有大量的批发商、零售商作为中介，这就决定了工业经济是“迂回经济”的特点。迂回经济的各个中间环节主要是依靠占用和耗费各种经济资源来维持它的生存。电子商务的出现从根本上减少了传统商务活动的中间环节，缩短了企业与用户需求之间的距离，同时也大大减少了各种经济资源的消耗，使人类进入了“直接经济”时代。“直接经济”的实质就是减少中间费用、库存和流动资金，使生产“直达”消费。
传统商业活动的进行必须有大量商业中介机构的存在，因为生产者和消费者在时间和空间上存在着难以克服的障碍，商业中介是连接产销双方的桥梁。电子商务的发展使产销之间的直接沟通成为可能，越来越多的企业将逐步摆脱对传统商业中介的依赖，从中节省的开支和提高的效率将使产销双方共同受益。电子商务在使企业与顾客之间的隔阂降到最低限度的同时，也使企业的商务活动变得更加透明、高效，企业只要花极小的代价即可获取尽可能多的商务信息，企业适应市场的能力大为增强。
二、对企业营销活动的影响
电子商务的迅速发展必将使传统的市场性质发生新的变化，表现在三个方面:第一，随着BtoB(企业与企业之间)电子商务模式的不断普及，生产厂商之间可直接借助因特网实现从原材料采购到商品销售全过程的联系，大大提高了企业运作的效率，降低了经营成本;第二,市场细分将随电子商务的发展而日渐彻底化，消费者通过因特网直接与生产企业发生联系，使企业针对单个消费者的营销活动(微营销)得以实现;第三，交易方式的无纸化和支付手段的电子化将成为主要形式。
三、对企业组织结构的影响
适应工业经济社会生产状况和技术基础的组织管理方式，是在传统组织理论下形成的金字塔式、自上而下控制的管理组织形式，即等级组织结构。这种组织结构有多个管理层次，并有一套复杂的操作程序来决定报告渠道、权力层次、部门特权、工作界定和操作规则等。这种组织结构的特点是强调专业分工、经济规模、顺序传递、等级森严。等级组织结构形式给工业时代的企业带来了一定的优势：实现规模经济、职责清晰、秩序井然、工作效率提高、组织稳定性较好等等。
四、对企业生产方式的影响
电子商务对企业生产方式的影响，可概括为以下三个方面：
1.企业生产过程的现代化。电子商务在企业生产过程中的应用，可在管理信息系统(MIS)的基础上采用计算机辅助设计与制造(CAD/CAM)，建立计算机集成制造系统(GIMS);可在开发决策支持系统(DSS)的基础上，通过人机对话实施计划与控制，从物料资源规划(MRP)发展到制造资源规划(MRP?II)和企业资源规划(ERP)。这些新的生产方式把信息技术和生产技术紧密地融为一体，使传统的生产方式升级换代。
2.低库存生产。在实施电子商务后各个生产阶段可以通过网络相互联系，同时进行使传统的直线串行式生产变成网络经济下的并行式生产，在减少了许多不必要的等待时间的同时，也使及时式生产(JITJustInTime)成为可能，使库存降低到最低限度。在过去,企业必须先把产品生产出来放在商场中等待销售，这样必然会占用资金和库容。应用电子商务后，产品如果没有需求就可以暂时不生产，等到新的需求产生后再进行生产，这样就可大大降低生产和销售成本。低库存生产主要借助于电子商务快速地调研市场需求，对市场的反馈作出最快反应，同时利用网络掌握竞争者的最新动态，调整、改良企业的产品与服务。IBM个人系统集团从1996年开始就应用电子商务高级计划系统。通过该系统，生产商可以准确地依据销售商的需求来生产，这样就提高了库存周转率，使库存总量保持在很低档的水平，从而把库存成本降到最低限度。
3.数字化定制生产。数字化定制生产源于英文MASSCUSTOMIZATlON，即规模顾客化生产，是在广泛地应用网络技术、信息技术、管理技术的基础上，用标准化的部件组合成顾客化的产品(或服务)，以单个顾客为目标，保证顾客需求最大限度的满足。数字化定制生产与传统意义上的定制生产的本质区别是在规模化基础上的定制生产。数字化定制生产并不是企业提供无限的选择，而是提供适当数量的标准件，并使之进行成千上万种搭配，既给顾客一种无限选择的感觉，企业又可以对复杂的制造程序进行系统管理。电子商务的发展使数字化定制生产不仅变得必要，而且也成为可能。进入电子商务时代的消费的需求变得越来越多样化、个性化，市场细分的彻底化使企业必须针对每位顾客的需求进行一对一的“微营销”，否则，顾客如果党得某家公司提供的产品不够满意，
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