这个问题其实包含两层含义：其一为什么甲午战后中国会兴起留学日本的热潮？其二为什么日本方面允许那么多中国留学生进入日本军校学习？
首先回答第一个问题：为什么甲午战后中国会兴起留学日本的热潮？事实上甲午战后的中日关系并不是从此就尖锐对立起来了。
日本侵华是一个漫长的过程——从1894年的甲午战争直到1945年抗战结束日本对中国的侵略是呈日益加深的趋势的，在甲午战后的早期岁月中日本深知自己并无实力将其他列强从中国排挤出去，于是就适时提出泛亚主义——鼓吹亚洲各国同文同种，号召亚洲国家团结起来共同对抗西方列强。
应该说日本这一侵略方针具有极强的隐蔽性，在当时曾在亚洲邻国吸引到不少支持者。对当时饱受列强欺凌的清政府而言：引入日本势力以对抗西方列强看起来也是可选项之一。
而对当时那些有志于富民强国的有志之士而言：因为见到祖国积贫积弱，纷纷萌生了效法外国先进的制度和技术以改革国家的理念。
当然如果要效法外国的话，这时西洋列强远比日本强大得多，然而在当时睁眼看世界的中国人眼中留学东洋比留学西洋至少具备以下好处：路程近，费用相对少，况且日本文化相比西洋文化更贴近中国，所以当时普遍认为日本的崛起模式相比西方的更适合中国。
那么日本面对汹涌而来的中国留学生为什么欣然允许呢？他们就不害怕吗？这其实有点以今人之心度时人之腹。
无须讳言的一点是在清末民初的仁人志士中不乏怀有日本情结者：孙中山、鲁迅、黄兴、邹容、陈天华、秋瑾、徐锡麟、陈独秀、李大钊、周恩来、董必武、李达、蔡锷、蒋百里、郁达夫、田汉等人或因革命一度侨居日本，或者本身就有留日背景。
他们在日期间都曾表达过自己对日本的好感——以民国著名军事理论家、军事教育家蒋百里为例：他娶了一位日本妻子，可以说他早年对日本是怀有好感的，后来之所以选择和日本对立完全是因为日本侵华所致。
我们在评价这些具有日本背景的仁人志士的日本情结时不能脱离当时的时代背景——对他们而言：日本固然是侵略中国的强盗之一，但只是侵略者之一，他们不可能未卜先知到日本会发动全面侵华战争，因此在他们眼中日本和其他列强并没什么区别，只是后来随着日本侵华程度的日益加深才纷纷选择和日本对抗。
所以当时的日本也不会把他们视为是多大的威胁，恰恰相反日本方面希望和这些优秀的中国人打交道，也乐于见到这些优秀的中国人具有亲日情结。
从某种程度上而言：日本的目的一度实现过——这些留日的中国学生回国后大多对日本怀有好感，如果不是日本发动侵略中国的战争这些人就会成为沟通中日两国的桥梁，然而罪恶的侵略战争迫使这些留日学生不得不将自己从日本学来的技艺用来对付侵略自己祖国的强盗。