在《合金装备2》的桑给巴尔岛事件之后，世界短暂地恢复了平静，然而在2010年，核武危机再次笼罩。在阿拉斯加的影子摩西岛，美国军事基地正在进行一系列的秘密武器测试，却不料遭到一群恐怖分子的突袭。讽刺的是，这次行动的领导者竟是由FoxHound反叛者Liquid Snake领导的。基地中有许多政府高官和公司高管作为人质，他们的要求是在24小时内获得已故BIG BOSS的遗体，否则将对美国城市实施核攻击。面对这场危机，Fox Hound指挥官Roy Campbell不得不召回已消失十年的传奇战士Solid Snake，任务不仅包括摧毁核武器，还要解救众多被困者。
相较于PS版，游戏提供了一个更广阔的视角，让Solid Snake惊讶的是，他的双胞胎克隆兄弟、前Fox Hound探员Liquid Snake竟是这场阴谋的幕后黑手。与Liquid为伍的还有Fox Hound顶级探员，如左轮、具备精神力的Psycho Mantis和狙击手Sniper Wolf。恐怖分子掌握了基因改造技术，寻求BIG BOSS的遗体是为了利用其优秀基因打造无敌的基因战士。
然而，当人们以为一切结束时，游戏的高潮才刚刚揭开。左轮，这个看似逃脱的角色，实际上是一个隐藏在两阵营中的双重间谍，他的代号"Solidus Snake"暗指固体与液体的临界点，即最完美的试验品。美国政府的报告称Snake和Meryl已在这次事件中牺牲，而"Solidus"的意图和Liquid的命运，以及Snake所面临的真正威胁，都让剧情充满了未知和悬念……
《合金装备：孪蛇》（英文：Metal Gear Solid: The Twin Snakes、日文：メタルギアソリッド: ザツインスネークス、也译作：潜龙谍影：双蛇）是一款由小岛工作室（KOJIMA PRODUCTION）制作，日本科乐美公司（KONAMI）在任天堂GameCube（NGC）主机上发行的一款军事题材秘密潜入类动作游戏，隶属于系列游戏《合金装备》（简称：MGS）。《合金装备：孪蛇》是1997年索尼PlayStation（PS）上的《合金装备：索利德》的重制版。《合金装备：孪蛇》的以PS版的《合金装备：索利德》为基础，在剧情上便无任何更动。