菏泽历史悠久，新石器时代龙山文化遗址，境内各县(区)均有发现。唐尧(2357 ~ 2258年前)、虞舜(2257 ~ 2208年前)和大禹(2207-?)在这里留下了更多的遗迹。历史建筑的演变可以追溯到公元前17世纪。
在商朝(公元前1765-1122年)，境内有三个国家：申国(今定陶和曹西安之间)、古国和郭利(今鄄城和郓城之间)。西周时期(公元前1122 ~ 249年)，其疆域分属曹(杜定陶)、高、鲁、魏、宋。春秋末期(公元前770- 249年)，疆域分宋、鲁、魏。战国时期(公元前475~公元前221年)前期为齐、楚、魏所辖。
到战国末期，分为齐国和魏国。秦朝(公元前221年-公元24年)，中部和北部的领土属于董军(管辖濮阳)，南部和北部属于党军(管辖砀山县)。从西汉到隋朝，近600年间几经变迁。隋朝(581~618年)，文帝即位后，取消郡县，由国家直接管理郡县。曹州(尹姬郡)在疆域中部，周浦(治鄄城)在北部，周_(治郓城)在东北部，戴州在东南部(原永昌郡位于后方，但仍以军制统治)。以上四个都道府县都在境内。它属于南方的松州。66年(隋大业二年)，炀帝废州，改州为县。
中部属尹姬县(治尹姬县)，东部属东平县(治郓城)。唐朝(618~907)时，河南道在境内，曹州在中(治尹姬县)，周浦在东(治鄄城)，云州在东北，松州在南(治睢阳)。元朝(1271~1368)属中书省。明朝(1368~1644年)，兖州府的曹州、集宁、东平，山东丞宣的布政司，以及西部、北部的一小部分开州，分别属于都城大明府的开州和东昌府的周浦，山东丞宣的布政司。368年(明洪武元年)，因水患，迁至安陵集镇(今菏泽市大黄集镇安陵集镇)，次年又迁至磐石镇(今曹县旧址)。
371年(明洪武四年)，被降为曹县。1445年(明正统十年)，曹州恢复为古石成郡(今菏泽市)。此时，虽然曹州领导两个县，但它是政府管辖下的一个州。清朝(1644年-1911年)改政治部为省，西部和东北部地区分属直隶大明府和山东兖州府，均属山东曹州府。1724年(清雍正二年)，曹州升为直隶州，管辖范围仍与明朝相同。1735年(清雍正十三年)，升为府，辖一州十郡，郭为郡，菏泽为名。此时的辖区面积略大于今天的菏泽市。民国(简称1912~1949)，1912年行政区仍沿用清末省、府、县三级制，道为省督区。
1913年1月8日，北洋政府发布组织令，规定地方政府实行省、省、县三级制。今除东明县隶属于直隶大明路，鄄城县、梁山县(原寿章县)隶属于山东省济西路(后改为林东路辖聊城)，其他县隶属于山东省戴南路(后改为济宁路辖济宁)。1925年10月22日，山东省将原来的4路增加到11路，现设菏泽市草铺路(治菏泽)。
1928年，东明县直属河北省，其他县直属山东省。1932年，南京政府规定在省府下设立行政监督区 抗日战争中，中国共产党领导的抗日政府相继出现，抗日根据地和游击区逐渐发展成为各级行政区。1940年至抗战胜利，境内分属以下特殊区域：冀鲁豫八区。
1940年4月初，成立郧西特区，1940年11月改称鲁西第二特区，隶属山东省鲁西行政区。1941年鲁西行政区并入冀鲁豫行政区，后脱离山东省。河北、河南第十一区。1940年7月，成立湖西特区(因地处微山湖西部)，隶属山东鲁西行政区。其管辖范围位于现在的边界以南，其特别办事处经常在单县东南部的刘彩和张寨地区活动。冀豫第十特区。1941年5月，河北、山东、河南三个特区成立;7月改为河北、山东、河南七特区;九月改称晋冀鲁豫二十二个特区和冀鲁豫十个特区。
位于中部和西南部的领土，它还包括部分县，如考城和全敏在河南省。解放战争时期，1946年2月，原冀鲁豫第八区改为冀鲁豫第二区，特务机关迁至运城潘渡、陈坡。原冀鲁豫十一区改为三区，十区改为五区。1948年9月全境解放。1949年3月，华北人民政府决定将冀鲁豫第二、第三、第五、第七特区分别更名为何琳、湖西、鲁西南、郧西特区。2008年8月，平原省成立，何琳、鲁西南、郧西部分地区并入荷泽特区，与湖西特区同属平原省人民政府。
1952年11月，中华人民共和国(PRC)中央人民政府批准撤销平原省建制，菏泽、湖西划归山东省管辖。次年7月20日，中央人民政府批准撤销山东省湖西特区，所辖各县分别隶属菏泽、济宁特区。1958年11月12日，国务院批准撤销菏泽特区建制，各县划归集宁特区。次年六月，菏泽地区恢复，地区旧如旧。1967年3月，菏泽地区改为菏泽专区。2000年6月10日，经国务院批准，菏泽改为菏泽市(地级)，原菏泽市(县级)更名为牡丹区。2008年12月，全市共有8县1区、158个乡镇、6106个行政村和居委会、13478个自然村。
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