随着时代的发展，姓氏的规则不再像古时那么严格，一些外人或胡人迁徙到了当地，通过赐姓的方式来混乱了氏族的界限。不同血统的人也拥有同样的姓，但古代同姓不婚的习俗规定逐渐被打破。一般认为，“同姓不婚”是夏商周三代的规定，而自秦汉以后，姓与氏混乱在了一起，遂使这个规定不再能发挥严格的作用。
“同姓不婚”是先秦时期重要的宗法规则
古人娶妻不娶同姓的规定
在春秋战国时期，虽然世系已经略微混乱，但重族姓的风俗依然盛行。《国语》记载叔詹曾说：“男女同姓，其生不蕃”。这说明古人已经从经验的角度发现同姓通婚之弊，因为同姓之人共有同一个祖先，在血缘及基因上相近，故而所生下的后代生命力较弱，难以存活。
郑国的国相子产在当政的时候，曾规定内官不准同姓通婚；而晋国的司空季子也说：“异德合姓”。在古人看来，同姓通婚就像同性相恋一样，不能够繁衍后代，故而婚姻不仅要求双方必须是男女异性，而且还要异族异姓。周王室的子女不能与晋、吴、卫、鲁通婚，只能纳聘于齐、楚、宋、燕等异姓诸侯。所以《左传》中齐国嫁过来的女子都叫哀姜、孟姜，周鲁出聘的女子叫作诸姬。姓是女子世系血统来源的重要标志，不能混乱之。
在当时，古人也对异性不通婚进行了解释。例如郑史伯就对桓公说：“先王聘后于异姓，务和同也，声一无听，物一无文。”对此，顾炎武说：“是知礼不娶同姓者，非但防嫌，亦以戒独也。”娶同姓之人，会因为同宗的关系太过亲密，有失于妨嫌；而且异姓通婚才有利于加强人们之间的交流，使氏族不至于陷入孤立。
此外，古人还用一套五行的理论来解释同姓不通婚的道理。
齐鲁时代通婚
“五行有相生，故同姓不婚”
根据古人的传说，姓来自于五帝。五帝之所以得姓，是因为他们本于五行。传说五帝之首是伏羲氏，他以木德继天而王天下，所以姓风。在《周易》中，八卦之一的巽卦就同时有木和风的含义，《说卦传》云：“巽为木、为风”。以木德而兴的伏羲就获得了风姓。
接替伏羲而皇的是神农氏，在五行生序中，木能生火，所以神农属于火德，也叫炎帝，史书说炎帝长于姜水，故而姓姜；炎帝之后是黄帝，因火能生土，所以黄帝为土德。跟炎帝类似，黄帝长于姬水，所以姓姬；黄帝之后是少昊，因土能生金，故而为金德；少昊之后是颛顼，因金可生水故为水德。因此，古人认为“姓之所从来，本于五帝，五帝之得姓，本于五行，则有相配相生之理。”
但是这套理论显然是属于术数谶纬的，缺乏科学依据，因此在现代人看来并无说服力。我们要弄清“同姓不婚”的问题，还需要探究一番姓和氏的起源以及演变。
古人根据五行来制定婚配制度
“同姓不通婚”原则为何逐渐失效？
在古籍《春秋》中我们能够考证出二十二个姓，这些姓又分别代表着二十二分封的小国。其中妫为虞姓，出颛顼，封于陈；姒为夏姓，也出颛顼，封于杞；子，殷姓，出高辛，封于宋。姬为周姓，出黄帝，封于全国各地。这些三代的姓都是女字旁，可见性与女性相关。
到了战国时期，大国兼并、小国亡灭，异姓之人也同处一城，人们逐渐的“以氏为姓”，使五帝以后的姓混乱，不再是不同祖先才相互异姓，而是有着同一个祖先，但因居住地不同而相互异姓起来。
《礼记正义》记载说：“诸侯赐卿大夫以氏，若同姓，公之子曰公子，公子之子曰公孙。公孙之子，其亲已远，不得上连于公，故以王父字为氏。”屈原的祖先熊绎与楚国同姓，但由于他的儿子被分封到“屈”这个地方，所以以氏为姓，改名为屈瑕，他的子孙便都叫屈而不姓熊了。
战国时期的命名规则不一，有以所食之邑为氏者如韩赵魏，有以官为氏者如司马、司城等等。“以氏为姓”使春秋时候的二十二个姓扩充为数百个，这是人口增多的结果。到了秦汉时期，姓氏就混在了一起不做区别了。如司马迁在写《史记》时，说秦始皇“姓赵氏”，汉高祖“姓刘氏”。其实从祖先渊源来看，秦始皇本姓嬴，因祖先封为赵城，才以赵为氏，嬴是秦始皇的姓，赵是秦始皇的氏。徐氏、郯氏、莒氏、终黎氏、秦氏、江氏与赵氏等其实都是同一个嬴姓，如果要严格按照“同姓不婚”的原则来婚配的话，他们之间都不能通婚。但因为世系久远，血亲变疏，所以战国末年至秦汉时姓氏合一，本身也就淡化了“同姓不婚”的原则。秦始皇的母亲是赵国人，父亲庄襄王是秦国人，本不该通婚，因为他们是同姓异氏，但由于“同姓不婚”原则已经淡化，故而才发生了通婚。
姓是从血统得来的，氏是从居住地得来的
顾炎武在《原姓篇》中考证说：“男子称氏，女子称姓。氏一再传而可变，姓千万年而不变。”姓代表的是血亲纽带，氏则类于宗族。《左传》里只有女子称姓，从无男子称姓者。崔武子曾想娶棠姜，东郭偃劝阻说：“男女辨姓，今君出自丁，臣出自桓，不可。”崔氏与东郭氏在很久以前是同姓，所以即使年代久远，他们的后代依然不能联姻，这是周朝的婚配制度。古人立姓是为了区分男女间的世系来源，立氏则是为了区别男子间的宗族关系。