作为中国历史上最后一个封建王朝，清朝政权乃系以满洲贵族为主体的满汉官僚联合执政，其政治机构的设置基本和前朝历代类同，在中央分为内阁、行政机构和行宪机构三类直接向皇帝负责的政治机构设置。
内阁，乃系雍正皇帝创设军机处之前的最高行政机构，为全国枢要总汇之所。行政机构，包括六部，以及和六部并立的行政机构理藩院、宗人府、国子监、大理寺等；而行宪机构指的就是都察院。
作为和现今国务院下辖组成部门的一把手最为接近的官职——尚书，清朝设有7处，即六部尚书和理藩院尚书。根据《清史稿·职官志》的记载，七大尚书同属从一品高官，基本相当于省部级正职兼领国务委员的副国级高级干部。
那么，同为尚书，同为从一品高官，理藩院尚书和六部尚书之间到底有何差别，他们之间的权力、地位，孰高孰低呢？
清朝未建立之前的天聪年间，皇太极就仿明朝旧例，创设六部，并以贝勒总理各部部务。顺治元年，令管六部行政长官为尚书，满汉各一，最初阶段满人尚书较之汉人尚书品秩高，直到雍正八年统一改为从一品。
清朝所设六部之吏、户、礼、兵、刑、工部，基本能够囊括除最高检、最高法和国家监察委员会以外，现今国务院所有的职能部门。在清朝皇权统治的过程中，作为内阁之下的最高执行部门，六部十二位尚书发挥着至关重要的作用。
除了六部尚书，作为少数民族建立的封建王朝，清朝另设有专门管理“外藩蒙古、回部及诸番部”
的理藩院，并专设满人官缺之理藩院尚书职位，基本相当于现今国家民族事务委员会主任。注意，理藩院尚书仅有“满人一人”，并且时有“特简大学士为之”。同样，这个从一品官职也基本相当于省部级正职兼领国务委员的副国级干部。
根据《清史稿·职官志》的记载：
尚书掌内外藩蒙古、回部及诸番部，制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰。
清王朝之所以能够稳固统治中原地区长达两百多年，很大程度上得益于对蒙古、新疆、西藏等边疆地区的有效统治。理藩院这个在最初阶段列入礼部的职能部门，在顺治十八年清廷逐步成为全国性政权后，改为六部并行部门，并拥有议政权利。
作为管理少数民族地区的最高职能部门行政长官，理藩院尚书肩负着直接关系边疆稳定乃至皇权稳固的重要职能。就全国性事务来看，理藩院尚书的职能较之六部比较单一，其职权和影响较低；但是，因为理藩院职权的特殊性和其上下一致性的满洲官缺（即使有汉人官缺，也只能是汉军八旗），再加上一般会有大学士兼领理藩院尚书的特殊安排，理藩院尚书于朝堂之上的地位并不比六部低。
另外，通过清代名臣佟佳·隆科多、钮祜禄·和珅等人担任理藩院尚书期间的职权范围来看，这一官职一般会被皇帝特意安排秘密监视京师内的宗室王公和部院重臣动向的特殊职能。也就是说，这一官职经过康熙朝的发展，逐渐演变成皇帝委以特殊职能的近臣乃至心腹重臣。就此来看，理藩院尚书的职权范围远远超出其官职本身，拥有这一官职基本代表着皇帝较高的信任和仰仗程度，逐渐成为六部尚书之上的特殊官职。