生物菌肥可以和复合肥混合使用，混合后可以明显提高肥效。在农作物的施肥管理中，都提倡生物菌肥与复合肥混合使用的，在实际生产中也是混合使用的。复合肥中的氮磷钾不但不会杀死生物菌，反而因有生物菌的作用而变得活性更高，更易被农作物吸収。
扩展资料
生物菌肥和复合肥的区别
生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂——细菌肥料——微生物肥料，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。
复合肥料是指含有两种或两种以上营养元素的化肥，复合肥具有养分含量高、副成分少且物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。
但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，使用前最好进行测土，了解田间土壤的质地和营养状况，另外也要注意和单元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
生物菌肥与复合肥是两种不同的肥料，各有各的好处与优势，同时两者也有着很大的差别，在使用时要正确认识并掌握住两种产品的特点与使用方法，这样才能更好的发挥出各自的功能与作用。
生物菌肥中主要是通过大量的有益菌在土地中的一系列的生命活动，例如繁殖、代谢等，可以对土壤理化性、结构改善、酸碱度改善等都有着良好的作用，而且其中还有一定的有机物质，可以为作物提供一定的营养成分，并且通过有益菌对根系起到的强健作用，可以加强根系对于营养元素的吸收利用的效率，从而增强作物本身的抗性，减少倒伏、冻害、病虫害等问题的发生。
复合肥其中含有了两种或者是含有了两种以上的营养物质的一种化学肥料。而复合肥具有很多优点，例如其中的养分含量比较高，其中几乎没有有害或者无用的成分，拥有良好的理化性状，可以很好的促进作物的平衡施肥，从而增加作物的产量。但是其也是有一些不好的因素，其中养分的比例较为固定，在不同类型的土壤、不同种类的作物上使用时，是不能满足所有的需求的。所以在用复合肥之前要先对农田进行检测，充分了解农田的情况，然后根据具体情况施用。
不管是生物菌肥还是复合肥，虽然两者都有很多的优点，但是在使用时一定要根据自己的需求去选择产品，不要因为其作用、效果好而盲目的施用，这样也会对土壤或者农作物造成比较严重的伤害的。
参考资料来源：生物菌肥-百度百科
另一方面，微生物菌肥可以改良土壤。通过有益菌的大量繁殖，杀死有害菌，促进土壤中菌群的动态平衡，改善土壤的理化性质。
活着的微生物最怕的肯定是杀菌剂，对其生存造成威胁的环境因素包括紫外线的照射、温度、湿度、酸碱度等。
合格的商品微生物肥可以与化学的复合肥混合使用，应避免与强酸强碱的肥料一起使用。具体还是要看商家的产品使用说明。
比如时科的竹满作炭基微生物菌剂，其中有效活菌数 ≥5.0亿/g，主要是枯草芽孢杆菌+胶冻样类芽孢杆菌，可以充分改良土壤。这个炭基微生物菌肥可以用作掺混肥(BB 肥）的原料，但应现混现用，以免化肥侵害导致微生物活性降低。
应该分开使用。先使用复合肥。一周以后再使用菌肥。