盆景金桔的剪枝应依据其生长阶段和树形需求来确定。
在营养生长期，主要在春梢萌芽前进行修剪，目的是整形培养树冠，使树形紧凑、枝叶茂盛。此时应每年培养3~4次梢，尽快形成树冠，并及时摘除花蕾，避免养分过早消耗。
进入生长结果期后，修剪的重点在于继续培养树冠并适量结果。每年促发2~3次新梢，使枝梢疏密排匀，形成紧凑树冠。修剪以抹芽控梢为主，主要在中上部进行，以控制树形和促进结果。
在盛果期，修剪主要是控制行间交叉，保持树冠覆盖率在75%~85%，确保树体通风透光良好，提高果实品质。此时，应剪掉太老和干枯的枝条，将过长的枝条剪短，以减少养分消耗并腾出空间供新枝生长。花后修剪也是关键，剪除已经凋谢但仍挂在枝头上的残花，同时检查并剪除病枝，防止病虫害扩散。
具体来说，盆景金桔的剪枝方法包括定干整形、拉枝矫正树形、抹芽放梢、短截徒长枝和疏剪等。定干整形是在春梢萌芽前进行，选留分布均匀且长势健壮的4~5个分枝作主枝，其余抹除。拉枝矫正树形则适用于树形歪斜或主枝方位不当的幼树，通过吊石头或拉绳索的方法使主枝分布均匀，树冠圆整。抹芽放梢是利用金桔复芽萌发抽枝力强的特点，通过抹一芽促多芽的方法来培养树冠，使枝梢抽生整齐。短截徒长枝可以抑制营养生长，促进生殖生长。疏剪则是剪除密枝、枯枝、病虫枝和残枝，以改善光照条件，减少病虫害，提高果实品质。
在进行修剪时，务必使用锋利的修剪工具，并确保工具的清洁，以减少病害的传播。修剪后，可以适当施肥和浇水，以促进金桔树的恢复和生长。同时，修剪是一项技术性较强的工作，建议在进行修剪前仔细研究或咨询专业园艺师的建议，以确保修剪的效果和安全性。