威海地方铁路管理局局机关的内部机构设置包含多个科室，主要职能如下：
办公室：负责行政接待、文秘、信息等工作，以及党务、纪检、人事、劳动、社会保障、培训教育等事务。具体包括组织协调、内外部工作处理、党务管理、档案管理、车辆调度、纠纷处理、专业技术职务管理、职工培训等。
总工办：专注于全局技术管理，包括制定运输规划、贯彻技术规程、新建项目技术管理、预算决算编制等，同时负责设备管理和专业技术职务评审等工作。
安全监察室：负责全局安全生产监督、事故处理、安全教育、驾驶人员安全培训和道口管理等工作。
运输科（路风建设办公室）：负责局管内客货运输的组织、调度、协调，监督技术规程执行，与国铁协调业务，处理事故，统计分析运输指标，以及新职培训和系统管理工作。
经营管理科：负责全局经营计划编制、考核、物资供应、成本控制以及经济合同管理等。
财务科：主要负责财务管理、国有资产、资金筹措、会计核算、内部审计等工作，包括费用控制、财产管理、资金拨付和会计档案管理等。
群工办：负责全局的宣传、群工、青年、妇女、退休退职人员管理工作，涵盖工会、青年团、妇女委员会、宣传报道、文化建设及民兵预备役工作。
收入稽查室：负责收入组织、监督，包括运输进款、票据管理、收入审核和清算等。