故事背景：
大约在1200年前，先驱者与残暴的虫族Khaara发生大规模种族战争，先驱者被Khaara分泌的卡拉Carar细菌险些毁灭。先驱者来到4546B进行细菌解药研究工作，但疾病研究设施被破坏而终止。Carar布满整个行星的大气层和水体内。
大约1000年前，阿尔特拉公司殖民地实验室企图改造Khaara虫族用作生物兵器，失败后殖民地系统毁灭成为Khaara的巢穴。星际航行理事会旗下的殖民地开拓军大规模伤亡，理事会直接对阿尔特拉公司进行制裁。研究者发现当地利维坦生物对卡拉病毒具有天然免疫，海皇利维坦分泌的42号酶可以治愈卡拉病菌。研究者捕获了一只利维坦，关押在监狱设施里进行研究，试图找到治愈方法。他们制造了裂空者，保护外形设施，并侦测消灭受感染的生物。
故事经过：
男主作为阿尔特拉公司的雇佣员工，随极光号前往阿里阿德涅之臂星系修建相位门系统，被防空阵列击落。在行星上生存一段时间后，殖民地总部联络阿尔特拉公司派来退役的贸易货船阳光号进行搜救活动，但在降落时被直接命中驱动核心炸毁在山峦小岛上空，全船遇难。男主在生存期间发现了极光号的另一个秘密任务，搜索十年前失踪的敌对国家蒙古帝国的飞船德加斯号和它的船员们。
德加西号飞船被执法平台击毁，三名成员幸存下来：船长保罗，他的儿子巴特以及雇佣兵玛格丽塔。他们在星球上一共建立了三个基地。浮岛基地由于资源稀缺和恶劣气候条件，三者之间产生分歧，最终遗弃。蛇菇基地有大量食物和金属资源，玛格丽塔发现紫色钥匙。水雷区基地在巴特发现大家被感染卡拉病毒后，被利维坦摧毁。
巴特逃到海上，建立了最后一个基地，在知道没有希望的情况下，变成生态系统的一部分。极光号被击毁，主角抢到第五号逃生舱，开始求生之旅。主角接收到来自其他逃生舱的无线电讯号，但大部分都没能幸存。船长在扫描到附近陆地后，命令19号逃生舱副官金让幸存者在岛上集合。于试图寻找更多幸存者，金在阻止未果后一同出发，两小时后更新留言，表明和于迷失大海。
主角接到阳光号救援信息，然而阳光号被免疫执行平台击毁。主角探索设施，发现只有没有被感染的人才能关闭设施，自己也被感染。海皇利维坦通过感应知道主角存在，为了解除病毒，主角找到失落之河的疾病研究中心，得知治愈希望在海皇利维坦监狱。
主角前往熔岩区，拿到蓝色钥匙后，海皇利维坦召唤主角前往监狱。主角答应并成功孵化海皇宝宝，海皇利维坦道谢接受死亡，主角利用活性酶解除病毒。主角接收救援队无线电，火箭蓝图发射到极光号船长室，给出密码让幸存者自行逃脱。主角制造火箭成功逃脱。
虫族背景：
物竞天择和物竞天择2游戏的核心内容是人类与外星异虫的对抗。游戏有Kharaa和The Frontiersmen两种阵营。人类的官方组织是星际航行理事会，下辖陆战边境开拓军。根据以前考据，这个组织是隶属于一个帝国形式的政治实体领导，时间线设定在较远未来，即人类星际殖民体系有一定规模之后。深海迷航全剧情详解就到这里，希望对玩家有所帮助。
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