在临床上常用的器械消毒有三种，高压消毒、煮沸消毒和药物消毒。
高压消毒由于条件限制，在临床上主要用后两种。消毒以前将器械冲洗干净，去除器械上的油污和血液。煮沸消毒是将器械放在有滤过作用的消毒锅中，针头、缝合线以及其他小物件，应用纱布包好，注射器应拆开放入锅中，盖上锅盖煮沸30分钟左右，或在水中加入少许碳酸氢钠，这样可提高沸点温度，更有效灭菌。取出器械放在器械盘中，盖上纱布以备用。
药物消毒是将器械浸泡在药液中而达到消毒的目的，常用的消毒药有0.1%洗必泰、百毒杀等需浸泡10分钟，0.1%新洁尔灭需浸泡30分钟，使用时用生理盐水冲洗器械，然后用灭菌纱布擦干即可。
除上述三种外，酒精火焰消毒也常用，主要用来消毒刀片等金属器械，主要用酒精火焰外焰烧灼。