根据上述职责，环境保护部设14个内设机构：
（一）办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作。
（二）规划财务司。
组织编制环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；承担机关、直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。
（三）政策法规司。
拟订环境保护政策；承担涉及环境保护的其他政策的制定工作；起草法律法规草案和规章；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。
（四）行政体制与人事司。
承担机关和派出机构、直属单位的人事、机构编制工作；承担环境保护系统领导干部双重管理的有关工作；承担环境保护行政体制改革的有关工作。
（五）科技标准司。
承担环境保护科技工作；承担国家环境标准、环境基准和技术规范的拟订工作；参与指导和推动循环经济与环保产业发展。
（六）污染物排放总量控制司。
拟订主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作。
（七）环境影响评价司。
承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。
（八）环境监测司。
组织开展环境监测；调查评估全国环境质量状况并进行预测预警；承担国家环境监测网和全国环境信息网的有关工作。
（九）污染防治司。
拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、跨省界河流断面水质考核等环境管理制度；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督。
（十）自然生态保护司（生物多样性保护办公室、国家生物安全管理办公室）。
组织编制生态保护规划；提出新建的各类国家级自然保护区审批建议，对国家级自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全国生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设；承担国家生物安全管理办公室的工作。
（十一）核安全管理司（辐射安全管理司）。
承担核安全、辐射安全、放射性废物管理工作，承担法律法规草案的起草工作，拟订有关政策；承担核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；；承担有关国际条约实施工作。
（十二）环境监察局。
监督环境保护规划、政策、法规、标准的执行；组织拟订重特大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；组织实施建设项目环境保护“三同时”制度。
（十三）国际合作司。
研究提出国际环境合作中有关问题的建议；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外的环境保护事务；承担与环境保护国际组织联系事务；承担外事工作。
（十四）宣传教育司。
研究拟订并组织实施环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担部新闻审核和发布。
机关党委 负责机关和在京派出机构、直属单位的党群工作。 1992年，中国政府批准成立中国环境与发展国际合作委员会（简称国合会）。国合会是一个高级国际咨询机构，国合会的主席由中华人民共和国国务院的领导同志担任（现任主席为国务院副总理曾培炎）。国合会的主要职责是针对中国环发领域重大而紧迫的关键问题提出政策建议并进行政策示范和项目示范。国合会委员包括中国国务院各有关部委的部长或副部长、国内外环发领域的知名专家、教授以及其他国家的部长和国际组织的领导。
国合会每年召开一次全体会议（年会），会议由国合会主席团主持。国合会中外委员、核心专家以及课题组组长届时参会。每次国合会年会都设立一个主题。根据会议主题邀请2-3名国内外著名人士作主旨发言，并进行一般性辩论。邀请中国有关部门和省、自治区、直辖市的代表作特邀发言，介绍中国实施可持续发展战略的情况。邀请国合会各捐款国的代表和对国合会感兴趣的使馆、国际机构的代表作为观察员参加年会。 事业单位
环境保护部环境应急与事故调查中心
环境保护部机关服务中心
中国环境科学研究院
中国环境监测总站
中日友好环境保护中心
中国环境报社
中国环境科学出版社
环境保护部核与辐射安全中心
环境保护部环境保护对外合作中心
环境保护部南京环境科学研究所
环境保护部华南环境科学研究所
环境保护部环境规划院
环境保护部环境工程评估中心
环境保护部卫星环境应用中心
环境保护部北京会议与培训基地
环境保护部兴城环境管理研究中心
环境保护部北戴河环境技术交流中心
派出机构
环境保护部华北环境保护督查中心
环境保护部华东环境保护督查中心
环境保护部华南环境保护督查中心
环境保护部西北环境保护督查中心
环境保护部西南环境保护督查中心
环境保护部东北环境保护督查中心
环境保护部华北核与辐射安全监督站
环境保护部华东核与辐射安全监督站
环境保护部华南核与辐射安全监督站
环境保护部西南核与辐射安全监督站
环境保护部东北核与辐射安全监督站
环境保护部西北核与辐射安全监督站
社会团体
中国环境科学学会
中国环境保护产业协会
中华环境保护基金会
中国环境新闻工作者协会
中国环境文化促进会
中华环保联合会
