主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生长习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、美人梅
双子叶植物纲、蔷薇亚纲、蔷薇目、蔷薇亚目、蔷薇科、李属、美人梅种。
2、樱花
双子叶植物纲、原始花被亚纲、蔷薇目、蔷薇亚目、蔷薇科、樱属、樱花种。
二、形态特征不同
1、美人梅
落叶小乔木。叶片卵圆形，紫红色，卵状椭圆形。花粉红色，着花繁密，先花后叶，花期春季，花叶同放，花色浅紫，重瓣花，先叶开放，花态近蝶形，瓣层层疏叠，瓣边起伏飞舞，花心常有碎瓣。花色极浅紫至淡紫，反面略深，花心颜色也较深，萼片5枚，略扁之圆形，呈淡绿而略洒淡紫红晕，边具淡红紫晕，有细齿。花具紫长梗，常呈垂丝状；雄蕊辐射，远短于瓣长，花丝淡紫红，花药小，呈土黄至鲑红色。花有香味，有时结果。果皮鲜紫红，梅肉可鲜食。
2、樱花
乔木，高4-16米，树皮灰色。小枝淡紫褐色，无毛，嫩枝绿色，被疏柔毛。叶片椭圆卵形或倒卵形，先端渐尖或骤尾尖，基部圆形，稀楔形，花序伞形总状，总梗极短，有花3-4朵，先叶开放，总苞片褐色，椭圆卵形，两面被疏柔毛；苞片褐色，匙状长圆形，花瓣白色或粉红色，椭圆卵形，先端下凹。核果近球形，直径0.7-1厘米，黑色，核表面略具棱纹。
三、生长习性不同
1、美人梅
美人梅抗寒性强。属阳性树种，在阳光充足的地方生长健壮，开花繁茂。抗旱性较强，喜空气湿度大，不耐水涝。对土壤要求不严，以微酸性的黏壤土为好。不耐空气污染，对氟化物，二氧化硫和汽车尾气等比较敏感。同时对乐果等农药反应也极为敏感。
2、樱花
樱花为温带、亚热带树种，性喜阳光和温暖湿润的气候条件，有一定抗寒能力。对土壤的要求不严，宜在疏松肥沃、排水良好的砂质壤土生长，但不耐盐碱土。根系较浅，忌积水低洼地。有一定的耐寒和耐旱力，但对烟及风抗力弱，因此不宜种植有台风的沿海地带。
参考资料来源：百度百科-美人梅
参考资料来源： 百度百科-樱花