农业防治
抗病品种的选用：首选果皮较光滑，果实较尖的品种，这类通常具有较强的抗病性能，在易发地区推荐选用，如长春1号，橘黄佳櫈等品种。 [1]
科学施肥：补充钙素、施足基肥、合理配合。土壤缺钙时，每亩用消石灰或碳酸钙50千克均匀撒于地面并翻入耕层中。施足腐熟的农家肥人粪尿或鸡粪，增加追肥中的氮肥，并降低基肥氮的使用率。在番茄施氮时，若纯氮施用超过30千克/亩，就会导致脐腐病发病严重，所以控制氮肥用量成为了番茄增产的关键。另外，钙磷与钙钾合理配合，可显著提高番茄吸收总钙量和实吸钙量，改善番茄果实的品质。 [1]
采用根外追施钙肥技术：番茄结果后1个月，是吸收钙的黄金时期。这时可喷洒1%的过磷酸钙，或者选用0.5%氯化钙加5毫克/千克萘乙酸、0.1%硝酸钙及爱多收6000倍液。每次间隔15天，连续喷洒2-3次。值得注意的是使用氯化钙及硝酸钙时，不可与含硫的农药及磷酸盐（如磷酸二氢钾）混合使用，以免产生沉淀。 [1]
控制温、湿度：应防止土壤干湿不定，切忌土壤过分干旱。定植时浇1次缓苗水，以后在花序开花坐果时灌溉，水量不能过大。以后根据土壤墒情酌情浇水，以保持土壤湿润。 [1]
田间管理：中耕时松土，且施草木灰200千克/亩，应施于7-8厘米土层内，以促进土壤透气、透水，增强植株抗病性，这些简易的方法可大大杜绝脐腐病的发生。 [1]
化学防治
一般在发病时，选择1%的过磷酸钙或0.1%氯化钙进行根外施肥，每周1次，防治效果十分显明。值得注意的是，喷药时一定要接触叶片及果实，尤其是果实。