根据上述职责，市环境保护局设9个职能处室：
办公室
综合协调局机关日常政务；负责文电、会务、机要、保密、档案、安全、督查、信息、政务公开、宣传、后勤保障等工作；负责机关内部规章制度建设和效能建设；组织办理人大代表建议、政协委员提案和重要批示件；指导协调信访工作；负责目标考核相关工作。
组织人事处
负责、指导局机关和直属单位机构编制、人事管理、干部培训、劳动工资以及组织、思想、作风和精神文明建设；负责局机关离退休人员服务管理工作；负责出国人员政审和报批；承担环保系统领导干部双重管理有关工作；负责局系统科技人员技术职务评聘工作；负责局管干部考核和后备干部队伍建设工作。
政策法规处
组织环境保护政策法规调研,拟订环境保护地方性法规、规章和综合性的政策、规范性文件；负责办理环境保护行政处罚、行政复议、行政诉讼工作；组织指导环境保护法律法规知识普及工作，负责全市环保系统执法培训；参与重大环境污染事故、环境污染纠纷案件的调查处理；负责环境法律、法规和规范性文件的清理、汇编、归档工作；负责局规范性文件和其它文件的法律审核和备案工作；承办本市环保法律、法规的立法解释工作。
计划财务处
组织拟订市环保专项资金使用计划并组织实施；负责国家环保资金申请和管理工作；监督全市排污费的上缴和使用工作；组织编报和执行局系统年度财务预决算，拟订环境保护自身能力建设的投资计划并监督实施；参与环境保护资金使用效益的调研；监督检查局系统财务制度、财经纪律执行情况，负责局系统政府采购、固定资产管理和内部审计工作。
自然生态保护处
指导、协调全市开展生态创建工作；负责农业和农村生态环境保护工作；指导、监督全市畜禽养殖污染治理和资源化利用工作；指导全市自然保护区建设，负责全市风景名胜区、旅游度假区、森林公园等保护区的环境保护工作；监督检查全市饮用水源保护区的环境保护工作；指导、协调和监督海洋环境保护工作；协调和监督生物多样性、野生动植物、湿地保护工作；负责生物技术环境安全工作；负责自然资源开发中的生态环境保护，指导和监督矿区复绿、生态破坏的恢复整治工作；参与生态课题研究、生态城市建设、生态规划拟订工作；承担市生态市建设工作领导小组办公室日常工作。
污染物总量控制处
拟订并组织实施环境污染总量控制计划；负责国控、省控重点污染源的排污总量核定和排污许可证审核；组织协调环境保护国际条约市内履约及对外联系工作；组织推行ISO14001管理体系认证工作；指导环境监测机构的业务建设；组织开展清洁生产强制性审核；组织开展排污权交易；组织拟订市环境保护地方标准，指导环境保护标准和行业标准的实施；组织拟订并监督实施市环境保护规划和环境功能区划，参与制定本市国民经济与社会发展规划和主体功能区规划；负责审核各类规划中涉及环境保护的内容；组织编写、审核环境质量报告和环境状况公报，负责环境状况分析。
污染防治处
负责城市环境综合整治和重点区域、重点行业、重点流域的污染防治工作；拟订全市环境保护目标责任，督查和考核落实情况；负责拟订全市的废气、废水、废渣、粉尘、噪声、有毒化学品、机动车尾气等污染防治管理措施，并监督实施；配合市有关部门淘汰落后工艺设备；指导县（市）区污染控制工作；负责开展园林城市、卫生城市、旅游城市、文明城市等创建中的环境保护工作；负责城市环境综合整治定量考核和国家环保模范城市的复核工作。
辐射环境管理处
负责全市放射性同位素和射线装置的生产、进出口、销售和使用安全的统一监管；组织实施辐射环境管理的相关法律法规和技术标准；负责省环保局委托的辐射环境影响评价审批、“三同时”管理和项目的施工验收工作；负责全市辐射安全许可证核发的相关工作；负责辐射污染事故和纠纷的应急、调查处理工作；负责监督管理本市电磁辐射、核技术应用、伴生放射性矿物资源开发利用的污染防治工作。
行政审批处
负责环境准入，组织拟订建设项目环境管理制度和规范，并监督实施；负责审批权限内建设项目环境影响报告书（表）的审批；负责建设项目环境保护设施的竣工验收；指导全市建设项目环境管理工作，监督各县（市）区建设项目环境保护法律法规执行；参与建设项目环境污染事故、违法行为的查处工作；参与重大开发项目前期工作，及时提出环境保护的意见和措施；负责环保系统审批制度改革工作；负责对在本市从事“环评”的单位资质审核和质量监督工作；指导评估中心工作。
机关党委
机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。
