南明永历帝朱由榔是在1662年时被吴三桂绞杀在云南昆明，当时的康熙皇帝才刚刚登基不久，只是一个八岁的小孩，根本没有治国理政的能力。因此，做出放过永历帝决定的并不是康熙皇帝，而是清廷。当时永历帝朱由榔已经逃往缅甸，只不过是一个没什么威胁的傀儡，因此清廷认为没必要大老远去追杀朱由榔。但是吴三桂有自己的小算盘，他认为一定要追杀朱由榔。最终吴三桂列举了五个理由，说服清廷出兵追杀朱由榔。
从1644年崇祯皇帝殉国到1662年朱由榔在昆明被绞杀的这18年时间，在历史上称为南明时期。南明时期先后有过四位皇帝，分别是弘光帝，隆武帝，绍武帝以及永历帝。永历帝朱由榔是南明最后一任皇帝，也是南明在位时间最长的皇帝。朱由榔于1646年在广东肇庆登基，于1662年在昆明被杀，在位16年。朱由榔和天启皇帝朱由校以及崇祯皇帝朱由检是同一辈的人，他们都是万历皇帝朱翊钧的孙子辈，算起来朱由榔是崇祯皇帝的堂弟。
吴三桂的情况大家应该会比较了解一点。吴三桂原本是明朝镇守辽东的一名将领，而且是崇祯皇帝比较器重的一位将领。1644年，李自成的大顺军准备攻打京师的时候，崇祯皇帝下诏天下兵马进京勤王。当时身在关外掌握重兵的吴三桂是崇祯帝非常期待的进京勤王力量。接到勤王的圣旨，吴三桂率领兵马赶往京城。不过，当吴三桂的人马到达山海关附近一带的时候，传来了崇祯皇帝殉国的消息。吴三桂也因此放弃了入京的想法，他开始在满清，李自成以及明朝三方之间寻找新的出路。
李自成曾多次向吴三桂抛出橄榄枝，吴三桂也一度想投靠李自成。不过，最终因为陈圆圆的缘故而作罢。当时吴三桂的家人都在李自成的手里，吴三桂也不能轻易和李自成闹翻。吴三桂被迫与李自成议和，对李自成并不十分信任。因此，吴三桂又私下与多尔衮来往。
吴三桂最初的想法是联合清军击败李自成的大顺军。因此，在李自成东征的时候，吴三桂假装投降，私底下却又给多尔衮写信，请求多尔衮出兵共击李自成。结果多尔衮是出兵了，但他并不是为了配合吴三桂联手击败李自成的计划，而是在吴三桂处境危急的时候，逼迫吴三桂彻底投降清朝。在这种情况下，吴三桂最终投降了清朝。
吴三桂虽然投降了清朝，但他过去毕竟是明朝的一名将领。按理说，吴三桂没有必要对南明的皇帝赶尽杀绝，尤其是在清廷表示没有必要特意追杀永历帝的情况下。吴三桂之所以坚决要追杀永历帝，主要有两个方面的原因。
吴三桂投降清朝的初期，他的手上仍然有一支自己独立率领的军队，而且与明朝残余势力仍然保持着联系。因此，当时吴三桂与清廷的关系是比较微妙的。清廷表面上对吴三桂很优，实际上对吴三桂存有疑忌。而吴三桂表面上已经投降了清朝，但是实际上又与明朝的残余势力藕断丝连。
不过，这种局面在清军入关后一段时间就发生了很大的变化。清朝入关后，清廷以高官厚禄收买明朝的官员，最终有不少明朝官员纷纷投降清朝。在这种情况下，吴三桂的想法也发生了改变。他不再以光复明朝为主要策略，而是积极做事来取得清廷的信任，为自己的前途赚一点筹码。这其中包括帮助清朝攻打李自成，镇压西北地区的抗清力量等等。当然也包括积极追杀逃亡缅甸的南明永历帝朱由榔。追杀朱由榔意味着与明朝公开对立，这是吴三桂向清廷表达忠心的绝好机会。
追杀朱由榔对吴三桂来说还有一层特殊的意义。朱由榔是明朝的皇帝，而明朝是吴三桂的故国。虽然朱由榔当时只是一位流亡的没有什么威胁的皇帝，但是在吴三桂看来，只要朱由榔一天在世，就象征着明朝还没有彻底灭亡。在这种情况下，吴三桂在清朝当平西王，当的心中有愧。因此，吴三桂坚决要除掉朱由榔，在吴三桂看来，只有朱由榔死了，明朝才算彻底消失了，而他在清朝当官才能当得更加安心一些。