万历皇帝小的时候，生母李太后对他管教很是严格。比如万历听完老师讲课，李太后随即就要考验一遍。如果万历上课不认真，李太后就会让他长时间罚跪。万历即位后，每逢上朝之前，李太后总是五更就叫醒他，洗漱结束后，还亲自领着他乘车而出。
在万历心中，李太后是一位严母，所以在母亲面前，万历总不敢忤逆。比如万历皇帝宠爱郑贵妃，所以不愿立长子朱常洛为太子。李太后问其原因，万历说：“他是都人（宫女）之子。”李太后一听大怒，说道：“你也是都人之子。”原来，李太后当初就是由宫女升为妃子的。万历皇帝一听，吓得跪在地上不敢出声，这才册立朱常洛为太子。
可以看出的是，万历即使已经成为皇帝，心中还是很尊敬母亲的。而李太后在万历面前，也是说得上话的。为什么要特意强调这件事呢？我们稍后会解释。
李太后对儿子如此严厉，自然也是为了他好，希望他能成为一名贤君。但是作为女人，李太后也不好干政，所以在辅佐儿子方面，她还需要一名帮手。最终，李太后将这个帮手定为张居正。
李太后很是欣赏张居正，而张居正为了明朝好，自然也愿意帮助李太后，尽力辅佐万历皇帝。有一次万历喝多了酒，吵着要杀掉内侍，好在被劝了下来。李太后知道后，就让张居正第二天上疏劝谏。张居正劝谏后，万历知道错了，哭着向李太后承诺，今后不会再犯。
当万历皇帝大婚后，按理来说，就意味着皇帝已经成年，可以亲政了。身为皇太后的李氏，就要返回慈宁宫。李太后深知自己不能干政，所以特地嘱咐张居正：“吾不能视皇帝朝夕，先生亲受先帝付托，其朝夕纳诲，终先帝凭几之谊。”
由此可见，李太后是很信任张居正的。但众所周知，张居正去世后，万历皇帝立马对其进行清算。他不仅抄了张居正的家，削夺其官爵，甚至还差点将其开棺鞭尸。万历要清算张居正，旁人或许无法阻止，但是为何连李太后也不说句话呢？
这里就要解释，前面为何要强调，李太后在万历面前说得上话。正因她说得上话，如果她出面的话，万历一定不敢轻易清算张居正。问题就是，为什么李太后不出面呢？其实很简单。
其一，李太后确实欣赏张居正，认为其有能力又忠心，才会让他帮助自己辅佐万历。但是说句难听的，张居正在李太后心中，只不过是一位臣子，最多就是一位能干且忠心的臣子。如今万历的皇位也坐稳了，像张居正这样的大臣，已经可有可无了，所以就算万历清算他，也没必要阻止。
其二，张居正掌控国政这么多年，虽然为明朝做出很多贡献，但他位高权重，朝中必定有不少人追随他，形成属于张居正的势力集团。这对于皇帝来说，肯定是危险的。既然张居正已经去世，那么万历就要加强皇权，打击其势力集团。这时清算张居正，正好杀鸡儆猴。李太后不会不明白这个道理，所以她没必要妨碍儿子加强皇权。
其三，基于前面两个原因，李太后已经没理由出面阻止了。再说她不出面还好，如果出面的话，大家反而会感到奇怪。因为万历清算张居正，是给出了“罪状”的，并且以示天下。可李太后阻止的话，那大家或许会想，太后为何会帮一个“罪人”，难道两人之间有不可告人的秘密吗？
因此，不管怎么说，李太后都没有阻止的理由。对于她来说，最重要的当然是自己的儿子，既然清算张居正，对万历皇帝，甚至是明朝都有好处，她又为什么要阻止呢？
并且他注重改革，损害了很多人的利益，被清算后，朝臣只会更变本加厉弹劾他