001 云霄飞车杀人事件（ジェットコースター杀人事件）1996/01/08 ┣漫画第1卷.File1┫
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
043 江户川柯南被绑事件（江戸川コナン诱拐事件）1997/01/13 ┣漫画第5卷.File10-漫画第6卷.File1┫
一位自称柯南母亲的妇人，到侦探事务所要带柯南回家，柯南虽然知道是骗局，又碍於毛利和小兰而不敢揭穿，只好随着妇人离去。在无意中偷听到这对神秘男女的不法勾当和手上握有恢复柯南原形的解药……若隐若现的神秘解药，柯南展开冒险侦察行动!
048~049 外交官杀人事件（外交官杀人事件）1997/02/17 、1997/02/24 ┣漫画第10卷.File2-6┫
突然有个关西名叫服部平次的人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。外交官官邸发生离奇的密室杀人事件。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理，逼出凶手。此时柯南因为感冒病重倒下了。正当凶手自己承认时，有个声音说“凶手不是他!”——而说话的竟然是消失多时的工藤新一!他指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手!可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……
057~058 福尔摩斯迷杀人事件（ホームズフリーク杀人事件）1997/05/05 、1997/05/12 ┣漫画第12卷.File7-漫画第13卷.File1┫
柯南入选福尔摩斯迷聚会，同小五郎、小兰一同前去。到了旅馆发现参加者中还有服部平次。第二天，策划聚会的金谷连车坠入海中。紧接着参加者大木也被杀害了！旅馆又出现了牺牲者！柯南等开始推理。看到正在推理的柯南，平次怀疑他是否真的就是新一。柯南的真实身份是否会穿帮？凶手究竟是谁？
096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件(2小时特别节目)（追いつめられた名探侦！连続2大杀人事件）1998/03/23 ┣漫画第14卷.File1-8┫
魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。她觉得1个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场……。柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。兰在看到以前的影集时发现柯南和新一小时后一模一样。相信柯南就是新一所以把柯南带到了新一家门口！正在这个时候有希子回来了。次日柯南和有希子一起去了有希子的同学薮内家，薮内家正在为了遗产而起纷争……
118 浪花连续杀人事件(1小时特别节目)（浪花の连続杀人事件）1998/09/21 ┣漫画第19卷.File5-8┫
服部平次邀请柯南与毛利和小兰至大阪参观，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。在柯南与平次对案情细心的推敲下，竟发现此案与另外两件杀人案件有密切关连。在整个案情指向一位女关系人时，她却惨遭灭口，案情越趋险恶、复杂……
141~142 结婚前夕密室事件(结婚前夜の密室事件) 1999/04/19 、1999/04/26 ┣漫画第21卷.File11-漫画第22卷.File3┫
平次的妈妈的同学，森园家的儿子的结婚仪式上，平次和和叶出席。到了东京后碰到了柯南他们，偶然遇到的森园家的管家也邀请了柯南他们。然后发生了杀人事件。森园家的管家被杀害了。是密室杀人。柯南和平次认为来寻找杀人凶器的人就是凶手。那天晚上，住在森园家的柯南和平次采取了某个行动。
144~145 上野出发的北斗星3号(上野発北斗星3号) 1999/05/10 、1999/05/17 ┣漫画第22卷.File4-7┫
小五郎收到了以前认识的旗本夏江寄来的北斗星号的票子和信，邀请他们去北海道。在北斗星号的列车上发生了杀人事件，柯南总觉得在哪里看到过。乘客中的叫明智文代的女乘客的真实面目是？柯南揭开了列车作案的手法。那么，某个人阻止了犯人的魔手，这俩上野出发的北斗星3号的结局究竟如何？
162 飞机空中密室！工藤新一．首次的办案(1小时特别节目) (空飞ぶ密室！工藤新一?最初の事件) 1999/09/27 ┣漫画第21卷.File4-7┫
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。那么这就是最初的一页……
174 第二十年的杀机圣佛尼号连续杀人事件(2小时特别节目) (20年目の杀意 シンフォニー号连続杀人事件) 2000/01/03 ┣漫画第23卷.File4-9┫
小兰在看到去小笠原参加免费海豚旅行的广告后，报名参加了。乘客中据说有当年蛟崎和小五郎一起追捕过的影子计划师叶才三。然后服部收到了叫古川大的人物的信，参加了这个旅行团。在船上发生了爆炸，那个被烧死的男人是？？企图揭开谜题的柯南和平次，下一个是平次被什么人袭击了。
190 危命的复活 第三个选择(命がけの复活～第三の选択) 2000/05/15 ┣漫画第26卷.File2-3┫
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
191 危命的复活 黑衣骑士(命がけの复活～黒衣の骑士) 2000/05/22 ┣漫画第26卷.File4┫
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
192 危命的复活 新一回来了(命がけの复活～帰ってきた新一…～) 2000/05/29 ┣漫画第26卷.File5-6┫
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193 危命的复活 约定的场所(命がけの复活～约束の场所～) 2000/06/05 ┣漫画第26卷.File7┫
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
222~224 人鱼又再度悲泣(そして人鱼はいなくなった) 2001/01/29、 2001/02/05 、2001/02/12┣漫画第28卷.File6-10┫
平次收到有一封写着“会被人鱼杀死”的信，于是跟小五郎和柯南等一同到了美国岛。他们去找送信人门协纱织，但她已经不知去向。正好岛上举行儒艮之祭。祭奠开始后，纱织的朋友寿美被发现在瀑布上吊身亡。然后又……平次和和叶找到了人鱼墓。为了救坠落悬崖的平次，和叶掉下去了？另一方面，柯南让小五郎睡着说出了美国岛发生的杀人事件与人鱼传说的真相。
238~239 大阪3K事件(大阪“3つのK”事件) 2001/06/18 、2001/06/25 ┣漫画第29卷.File9-11┫
柯南等人受平次邀请，参加卡迪斯、巴雷拉和诺沃德三位名运动员所开办的“K3”餐厅的开幕式。在那里有个报纸记者声称他们是“污秽的K”。之后，在以建筑物窗灯打出“K”的文字以做余兴庆祝时，突然响起了枪声。赶到屋子里时，那个新闻记者已经被射杀。“K3”的三个主人看起来无论是动机还是不在场证明都缺乏是凶手的可能性。新一主张三人是无辜的，使平次十分惊讶。面对固执己见的新一的背影，平次自言自语：“除去所有不可能的情况后剩下来的，再怎么不可信也是真相……”
263 大阪双谜 浪花剑士与太阁之城(2小时特别节目) (大阪ダブルミステリー 浪花剣士と太合の城) 2002/01/07 ┣漫画第31卷.File8-漫画第32卷.File4┫
在有平次出场的剑道比赛的中，有大学生被杀。最初尸体被发现的现场却找不到尸体，反而在其他的地方发现了。平次在柯南等人到达比赛会场之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城游玩，结识了崇拜秀吉的同好会参加者。在大阪观光之后回到大阪城的柯南等又遇上了事件。得知这次的事件与13年前发生的烧死尸体案件有关之后的平次和柯南开始推理。
277~278 英语教师VS西部名侦探(英语教师VS西の名探侦) 2002/05/13 、2002/05/20 ┣漫画第34卷.File2-4┫
柯南十分在意先前高木所说的调查资料被偷的事件。他认为杯户市力饭店中可能有帮助PISCO的同伙。这时平次来了？他们一起到小兰学校的英语老师家，这时从公寓上有名男性坠楼。平次和柯南就公寓坠落事件展开推理。而后平次要朱蒂老师扮演被害者，在朱蒂老师的手机了发送了“你到底是什么人”的短信……
286~288 工藤新一纽约事件(工藤新一NYの事件) 2002/07/15 、2002/07/22 、2002/07/29 ┣漫画第34卷.File11-漫画第35卷.File4┫
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
323~324 服部平次走投无路! (服部平次绝体绝命！) 2003/06/09、2003/06/16 ┣漫画第38卷.File8-10┫
等待平次和和叶两人的柯南看到到了约定时间2人还没出现，十分担心。这是小兰想起平次去见一个名为楠川的侦探。很快，柯南等人到访楠川公寓寻找线索，到了律师伊藤美沙里家。然而她说完全没有见过平次等人。但是，平次和和叶被监禁在她家屋顶里……平常和和叶被不怀好意的律师美沙里所监禁，强迫解读侦探楠川留下的暗号。另一方面柯南他们在寻找平次，但没有找到，于是先到餐厅吃饭。这时接到了平次打到手机上的电话。平次说“帮我解个暗号”，看到这点的柯南……
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（2小时30分特别篇）(黒の组织と真っ向胜负 満月の夜の二元ミステリー) 2004/01/05 ┣漫画第42卷.File5-10┫
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
381~382 谁的推理秀(どっちの推理ショー) 2004/12/06、 2004/12/13 ┣漫画第43卷.File6-9┫
柯南回到毛利侦探事物所的时候，和叶和平次已经等在那里。2个人前为再次邀请柯南等人到大阪而来的。同时和叶和平次为“甲子园”和“宝冢”而争论不休。2个人决定用推理来分胜负……平次和和叶约定要以推理定胜负，随即刚好有事件发生，柯南等人也一起前去。被害者生前是玩具制作所的社长。那里还留着带有死亡讯息的积木。平次当即理解了那个讯息的含义，不过看着拼命推理的和叶…
383 甲子园的奇迹!绝不向看不见的恶魔认输（満席大甲子园 见えない夏の悪魔）2004/12/20 ┣漫画第43卷.File10-漫画第44卷.File3┫
柯南等人接收平次邀请到大阪来看甲子园高中棒球比赛.不过在那里捡到一个电话,一个男人在电话中告知他将要在第三回合,第六回合,第九回合结束的时候,企图引爆炸弹.在手机里有暗示放置炸弹位置的暗号.在现场5万多名观众的甲子园球场中,柯南能否搜索到炸弹和犯人?
406~408 柯南和平次的推理魔术（コナン平次の推理マジック）2005/07/11 、2005/07/18 、2005/08/01 ┣漫画第47卷.File8-11┫
柯南与兰、平次、和叶一起去观看名为“星河童吾魔术秀” 表演。魔术表演中走到了看台的兰与和叶，在表演结束后去向星河道歉。他们在那里见到了魔术师范田力与姫宫展子。原来他们3人是10年前失踪的魔术师正影先生的弟子，之后姫宫还说出“要选出谁才是真正的接班人”这番话。于是，3人相约去正影先生家里商量此事，而柯南一行人也受邀一同前往…
在正影家的2楼走廊下找到了姬宫的。正影 的资料也不知道被什么人偷云了。看起来犯人拿走了资料之后利用停电从正影家的窗子逃跑了。不过平次看了姬宫的之后，却不认为是这样。目暮警部在听取了范田、星河、满村的证词之后，排除了他们犯罪的可能。随后柯南看到他们当年的合照，发现了一些事情
小兰和和叶想起在停电之前花瓶的后面似乎有影子。据说停电前，在月光是从瓶后面射过，而停电之后成了侧面。随后目暮，柯南等人到了范田休息的房间。柯南和平次在窗下的小路上觉得范田和满里根本没有可能作案，而且千叶在庭院的树丛内发现了折断的树枝与足迹，目暮将重心放在了外来者作案上
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