基督教与犹太教间存在神学冲突
基督教在公元1世纪诞生时是犹太教的一个分支，作为脱胎于犹太教又叛逆于犹太教的宗教，为了表明自身教义的优越以争取更多的信徒，基督教曾制造了一系列诋毁犹太教和攻击不愿皈依基督教的犹太人的言论。这些言论和思想后来不断地被增补进《新约》里，成为一种永恒的价值观逐渐融入了基督教的教义之中，这就为后来的一系列反犹主义奠定了理论基础。
犹太人与基督教社会的经济纠葛和经济竞争也是犹太人历史上遭受迫害的重要原因。欧洲社会从王公贵族到平民百姓，一方面离不开犹太人的资金和技能，另一方面又对犹太人充满嫉妒和偏见。欧洲历史上多次发生的反犹、排犹事件均与当时当地社会经济和社会矛盾的发展有着密切的联系。犹太人作为中世纪放贷业的主角，格外加深了基督教社会对他们的厌恶和仇恨。实际上，这一角色是由历史逐渐造成的。
犹太人与基督教世界存在社会隔膜
犹太人长期以来饱受层层的束缚与打击，时常居无定所，被视为流浪者。他们始终将巴勒斯坦视为上帝赐给自己的“应许之地”，而将其外的地方都视为临时性的寄居之所，相信总有一天必将回到故土上去生活，这种信念也使犹太人视自身为基督教世界的“客民”。每逢战乱或动荡，犹太人必然是首当其冲的祭品。
随着新的政治斗争、经济斗争和社会斗争的发展，欧洲基督教世界对犹太人的迫害又以一种“现代反犹主义”的新面目出现了，加入了种族主义思想和民族主义思想的成分，以种族化、政治化为由反对犹太人。19世纪欧洲盛行的白人优越论、社会有机论、社会达尔文主义的思想是形形色色的种族主义和现代反犹主义孳生的土壤。