现在的科尔沁草原主要分布在内蒙古自治区兴安盟、通辽市部分地区，西接锡林郭勒草原，北邻呼伦贝尔草原，总面积约4.3万平方千米，不足清初科尔沁草原的十分之一。科尔沁草原境内有绰尔河、洮儿河、归流河、霍林河纵横交错，水草丰美，资源丰富。境内有大青沟、特金罕山、蒙格罕山、科尔沁湿地、五角枫保护区等自然景观和辽代古城、金界壕、科尔沁十旗会盟地旧址、达尔罕王府、图什业图王府等人文景观。
科尔沁部的始祖是元太祖铁木真胞弟哈布图·哈撒尔。
1206年，铁木真统一了蒙古高原，建立大蒙古帝国。在铁木真及其诸子弟看来，大蒙古帝国是他们家族的共同财产，而这份财产继承自铁木真之父也速该。尽管也速该死后蒙古部落四分五裂，但是铁木真成年后最早收复的也是也速该的原属子民。所以，按照游牧民族的传统，铁木真必须将诸子弟应得的份子分给他们，于是，就形成了大蒙古帝国的左右翼各兀鲁思（封地）。右翼（西道）各兀鲁思由铁木真的三个子（术赤、察合台、窝阔台）及其后裔组成，他们成为了蒙古四大汗国的重要组成部分；左翼（东道）各兀鲁思由铁木真的四个弟弟及其后裔组成；居中的是大蒙古国的汗廷，即中央兀鲁思，由成吉思汗及其幼子托雷统领。
哈布图·哈撒尔又称拙赤·哈撒尔，“拙赤”是名字，“哈撒尔”是“猛兽”的意思，说明他是一个十分勇猛的人，而“哈布图”是“神箭手”的意思。哈撒尔在辅佐铁木真统一蒙古诸部，建立蒙古帝国时，立下了丰功伟绩。铁木真曾说：“有别里古台之力，哈撒尔之射，此朕之所以取天下也”。所以，在铁木真分封诸弟的时候，特别看重与他患难与共的胞弟哈撒尔，就把额尔古纳河以西，包括南边的海拉尔下游，呼伦湖、贝尔湖一带封给了哈撒尔。1818年，人们曾经在额尔古纳河的支流乌卢龙贵河的上游乌儿墨儿河附近发现一块移相哥石（移相哥是哈撒尔次子），因此，此处可能是哈撒尔家族的统治或活动中心。
铁木真时期，哈撒尔负责斡耳朵（大汗营帐）的警卫和警戒的重任，因为善射，其后裔部众遂有了“好儿趁”之称。好儿趁亦译作“科尔沁”，词义为“箭筒士”，于是，“科尔沁”便由军事机构的名称逐渐演变成了哈撒尔后裔所属各部的泛称，形成了著名的科尔沁部。
1368年秋，徐达率领的明朝北伐军攻陷了大都，元顺帝仓皇出逃，退居漠北，从此，元朝失去了对中原的统治，中国历史进入了北元流亡政权和明朝对峙的“新的南北朝时代”。元朝政权的统治者由于汗位之争，长期以来，就与西北窝阔台、蒙哥、阿里不哥系诸王隔阂很深。特别是元朝末年，为了镇压农民起义，元顺帝曾经调西北诸王前来支援，想不到的是，奉诏前来的窝阔台系诸王却趁机在上都发动了叛乱，要元顺帝让出帝位。虽然他们的叛乱最终被平息，但是元顺帝在放弃元大都北上的时候，拒绝了一些大臣提出的与西北诸王共图复国的大计，而是冒险选择退回到了蒙古人的祖源之地，即东道诸王（包括哈撒尔后裔的科尔沁部）的封地。
北元流亡政权迁到东道诸王的封地以后，北元与东道诸王后裔兀鲁思的关系进一步密切。面对共同的敌人明朝，他们为了共同的利益，搁置了争议，成为了最忠实的盟友。其结果就是北元流亡政权成功的将明朝北伐大军的目光吸引到了这里，东道诸王的领地也就成为了北元政权和明朝决战的主要舞台，特别是1388年，明朝大军在捕鱼儿海突袭了北元政权，北元汗廷遭受了毁灭性打击，蒙古大汗脱古思贴木儿被迫西迁，结果还是被西北诸王阿里不哥的后裔也速迭儿杀害。
脱古思贴木儿被杀以后，北元政权彻底进入了四分五裂的时代，游牧于东北地区的东道诸王后裔失去了屏障而直接面临明军的威胁，他们甚至为了自保而归附了明朝。比如，游牧于兴安岭以南嫩江以及洮儿河、绰尔河流域的铁木真幼弟斡赤斤的后裔阿扎失里就请求归附明朝。明朝于是就在此地设立了泰宁、福余、朵颜三卫，并任命阿扎失里为泰宁卫指挥使。
根据蒙古帝国的祖训，诸王的兀鲁思神圣不可侵犯，身为铁木真子孙的帝国大汗也不得侵夺，因此，即使斡赤斤及其后裔一再叛乱，甚至被处死，但作为家族财产的兀鲁思一直得以保留，而斡赤斤的后裔归附明朝后，就给了蒙古大汗侵夺其封地的理由。1546年，蒙古大汗库登汗为了避其族叔俺达汗之锋芒，与哈萨尔第十四世孙科尔沁部左翼首领奎猛克塔斯哈喇、喀尔喀左翼首领虎喇哈赤越过大兴安岭南下游牧，瓜分了斡赤斤的后裔统领的泰宁、福余、朵颜三卫。
科尔沁部左翼首领奎猛克塔斯哈喇南下之时，其弟弟巴衮、布尔海及其部属则没有跟随一同南下，仍居呼伦贝尔。从此，科尔沁部分为岭南和岭北两大部分。奎猛克塔斯哈喇统领的岭南部分因为游牧于嫩江流域，故称为“嫩科尔沁”；岭北部分则称为“阿鲁科尔沁”。阿鲁就是“山阴”或者“岭北”的意思。后世所说的“科尔沁”主要是指嫩科尔沁，其实，后来出现的阿鲁科尔沁、四子王、茂明安、乌拉特诸旗都是科尔沁部始祖哈撒尔的后裔。
科尔沁部与女真人的关系明朝末年，建州女真在其首领努尔哈赤的多年经营下迅速崛起，他在统一女真各部后，又把目光盯上了嫩科尔沁部控制的东海女真的扈伦四部。这不仅威胁了扈伦四部的安全，也损害了嫩科尔沁的切身利益。1593年，以叶赫部为首的扈伦四部就与嫩科尔沁部组成了“九部联军”共同向努尔哈赤发起了攻击，这就是中国历史上有名的“古勒山战役”。
古勒山战役最终以九部联军惨败而告终，奎猛克塔斯哈喇的曾孙翁果岱、明安、莽古斯逃亡。努尔哈赤为了笼络嫩科尔沁部，一方面采取政治联姻手段，娶了明安的女儿及明安弟洪果尔的女儿为妻；一方面努力教唆翁果岱的儿子奥巴开始称汗，挑拨嫩科尔沁部与蒙古大汗林丹汗的矛盾。
努尔哈赤之所以积极与嫩科尔沁部联姻，其目的是为了将铁木真黄金家族的血统输入到自己的家族中，提高家族在女真各部中的地位，强化其政权的传统权威；努尔哈赤之所以教唆奥巴称汗，这是因为，按照蒙古以右为上的传统，哈撒尔后裔的科尔沁家族，只有哈撒尔嫡系后裔的茂明安部的首领才是科尔沁万户的宗长，也才能拥有汗号。所以，作为哈撒尔的非嫡长系后裔的奎猛克塔斯哈喇家族，他们只能称“巴图鲁”，而不能称为“巴图鲁汗”。
称汗之后的奥巴深知林丹汗不可能漠视他的行径，为求自保，就有意加强与努尔哈赤的亲密关系。特别是奥巴不久以后又接纳了叛离林丹汗的叔祖歹青，引发了林丹汗率部围攻奥巴居住的格勒珠尔根城（今杜尔伯特蒙古族自治县的吉日格古城遗址）。自知不敌的奥巴一方面与林丹汗求和，一方面向努尔哈赤求援。努尔哈赤于是派他的儿子莽古尔泰、扈尔汉率领5000精骑兵前来援救。当努尔哈赤进兵到农安塔（今吉林农安县）时，林丹汗见腹背受敌，便撤兵了。格勒珠尔根城解围之后，奥巴亲自前往女真谢恩，并与努尔哈赤斩白马乌牛盟誓，正式结成反林丹汗的军事联盟。
林丹汗病逝以后，努尔哈赤征服了蒙古各部。1636年，漠南蒙古十六部四十九旗领主齐聚沈阳，共同推举皇太极为蒙古大汗，并奉上“博格达彻辰汗”的尊号。于是，清政府正式肢解了科尔沁部，将其划为左右两翼四部十旗，并定期会盟于哲里木（今科尔沁右翼中旗西哲里木境内），故称之为“哲里木盟”。
其中：右翼五旗分别是：
科尔沁右翼前旗、科尔沁右翼中旗、科尔沁右翼后旗、扎赉特旗、杜尔伯特旗
左翼五旗分别是：
科尔沁左翼前旗、科尔沁左翼中旗、科尔沁左翼后旗、郭尔罗斯前旗、郭尔罗斯后旗
清代国母孝庄文皇后是哈撒尔二十一世孙，莽古斯的亲孙女，她的哥哥就是科尔沁左翼中旗第一代达尔罕亲王满珠习礼。
近现代的科尔沁诸旗清朝末年到新中国建立后，根据行政区划的需要，部分科尔沁旗被撤销：
- 位于科尔沁东南部的科尔沁左翼前旗被撤销，先后析出了今辽宁省的法库县、康平县，其领地部分划归辽宁省彰武县后，其余全部划归内蒙古自治区通辽市的科尔沁左翼后旗；位于科尔沁北部的科尔沁右翼后旗被撤销，析出了今吉林省镇来县、德惠县，其余部分并入内蒙古自治区兴安盟科尔沁右翼前旗、扎赉特旗；位于科尔沁东北部的郭尔罗斯后旗被撤销，析出了今黑龙江江肇州、肇东、肇源三县。
没有被撤销的科尔沁旗也被进一步分解：
- 郭尔罗斯前旗境内析出长春厅、农安县、长岭县，长春厅后改为长春县，后并入长春市；科尔沁左翼中旗境内析出奉化县、怀德县，奉化县就是今天的吉林省四平市梨树县，怀德县就是今天的吉林省的公主岭市；科尔沁左翼后旗境内析出了昌图厅，后改为昌图县，隶属于辽宁省铁岭市；科尔沁右翼前旗境内析出了洮南府、洮安县、开通县，洮南府与洮安县合并，就是今天的吉林省白城市洮南县；开通县就是今天吉林省白城市的通榆县；扎赉特旗境内析出了大赉县，现在成为了大安县的一部分；科尔沁右翼中旗境内析出了澧泉县，就是今天内蒙古自治区兴安盟的突泉县；杜尔伯特旗境内析出了安达直隶厅，就是今天黑龙江省绥化市的安达市。