茼蒿虫害主要有蚜虫、白粉虱、菜青虫、小菜蛾、叶蛾类害虫等。
（1）蚜虫
可用50%抗蚜威可湿性粉剂4000～8000倍液或10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液防治。每隔7～10天喷药1次，连喷1～2次。
（2）白粉虱
发生初期可用25%扑虱灵可湿性粉剂1000～1500倍液喷雾，盛期可用20%灭扫利乳油2000倍液或2.5%天王星乳油2000倍液防治。保护地内可用22%敌敌畏烟剂（每667米2用量500克），或30%白粉虱烟剂（每667米2用量320克），于傍晚密闭棚室进行熏杀。
（3）菜青虫、小菜蛾、叶蛾类害虫
可用40%绿菜宝乳油1000～1500倍液，或用5%抑太保乳油2000倍液，或用拟除虫菊酯类农药喷雾防治。
茼蒿主要病害有霜霉病、叶枯病、叶斑病、立枯病、炭疽病、菌核病、细菌性萎蔫病等；主要害虫有蚜虫，近年发现亦有潜叶蝇为害。
病害可采用以下农业与药剂方法防治：①采用深沟高畦栽培。②改撒播为条播或穴播，或实行壮苗移植。③实行轮作，加强田间管理。④药剂防治，幼苗期可用1∶1∶200波尔多液喷施1次，发病初期开始喷洒50%苯菌灵可湿性粉剂500倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，隔7～10天一次，连续防治2～3次。虫害可选用艾美乐等药剂防治。茼蒿病虫害防治常用化学药剂和使用方法见表10。