法律分析：员工的工资由破产财产进行清偿。工厂倒闭，破产财产在优先清偿破产费用和公益债务后，首先是补偿员工应得收入。员工应得收入的支付顺序：职工的工资和医疗、伤残补助、抚费用，应当划入职工个人帐户的基本养老保险，医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
法律依据：《中华人民共和国企业破产法》 第一百一十三条 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；（三）普通破产债权。破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。