大桥仅计划单列的景观工程费用就高达5,000万元人民币。4大人工岛（香港口岸、珠澳口岸及
海底隧道东、西出入口人工岛）具有标志性及
相关性，将是景观设计考虑的重点。大桥工可报告中要求，每座人工岛都将会成为集交通、管理、服务、救援及观光功能为一体的综合运营中心，除了造型外，亦应该重视岛区范围内的绿化工程，在海景较美的地方设置「观景平台」。除人工岛之外，还设计了
中华白海豚观赏区和海上观景平台。 [15]
在珠海拱北湾南侧的珠澳口岸人工岛（
港珠澳大桥西人工岛）是大桥主体工程与珠海及澳门两地的衔接中心，两地对关口岸也设置在岛上，投资达133.5亿人民币，设计中采用了砂、泥及土三种材料作为回填料。人工岛地面标高5米，填海后经过地基处理加固后，交工面标高4.5米，能够防御
珠江口300年一遇的洪潮。港珠澳大桥建成后，基于澳门道路网的交通承受能力限制，香港车辆将不能够进入澳门。届时人工岛上将会设有两座大型停车场，其中逾5,500个停车位供予境外车辆使用，另外有2,000个停车位设立于离境通道前，主要供予澳门车辆使用。
香港国际机场东面的人工岛（港珠澳大桥东人工岛）作为港珠澳大桥的出入境管制站，管制站将与深港两地机场共享。口岸可以作为机场的延伸，以及接驳
屯门至赤鱲角的公路和港深机场连接铁路。该人工岛造价估计逾100亿元，连同连接的公路，预计整个工程开支逾200亿元。
2010年，人工岛开始填海建设。2011年9月11日，西人工岛主体的结构工程完成；同年12月7日，东人工岛主体的结构工程完成。同年12月21日，人工岛的主体外围结构工程完成，预计于2012年年底将会陆续放入隧道预制管道。东人工岛随后会抽水及填沙，之后会进行隧道工程。当整体结构完成后，就可以放入预制管道，预计于2015年年底会完成两个人工岛的所有工程。 [16-17]