华中科技大学环境科学与工程学院拥有丰富的专业设置，以满足不同领域的学术需求。学院下设四个主要的系别，分别是环境科学系、环境工程系、市政工程系以及建筑环境与设备工程系，这些系别涵盖了广泛的环境科学和工程领域。
学院内设有多家教学与科研机构，如环境科学研究所，专注于环境科学的理论研究；环卫机械研究所，致力于环保技术的创新；环境治理与评价研究所，专注于环境问题的评估与解决方案；以及建设部环境卫生工程科技干部培训部，为行业人才提供专业培训。此外，院中心实验室则是学院科研活动的重要平台。
在本科教育方面，学院提供环境工程、给水排水工程和建筑环境与设备工程三个专业，为学生提供了扎实的工程技术基础知识。在研究生教育上，学院拥有五个二级学科硕士学位授予权，包括生态学、环境科学、环境工程、市政工程以及供热供燃气通风及空调工程，为学生提供了进一步深造的机会。
更为卓越的是，学院还具备环境科学与工程一级学科的博士授予权，以及生态学、环境科学、环境工程、市政工程和供热供燃气通风及空调工程等五个二级学科的博士学位授予权，为有志于在该领域进行深度研究的学者提供了广阔的发展空间。
华中科技大学环境科学与工程学院是于2000年9月7日由华中理工大学环境科学与工程系、土木工程系暖通空调专业、武汉城市建设学院环境工程系和同济医科大学环境医学研究所（虚体）组建成立。