牡丹为肉质根，在良好的土壤中形成庞大的根系。中原地区春天当地下5厘米处土温达到4～5摄氏度时，根部开始生长，夏季26摄氏度以上时生长陷于暂时休眠状态，秋季18～23摄氏度时根系生长最快，冬季地温降到4摄氏度以下逐渐停止生长。4年生牡丹植株的根系已非常丰满。
牡丹分株苗定植4年后根的生长情况
牡丹庞大的根系主要是贮藏器官，贮藏大量的营养物质，这是牡丹能“花大盈尺”、特别是易地裸根催花的基础。近年来的催花实践表明，单靠根系本身贮存的养分所催出的牡丹花质量，已不能满足市场要求。所以，使牡丹生出大量具有吸收功能的新生根系，以补充外源营养，是提高催花质量的有效方法。