中华民国死刑之执行，于刑事判决确定后，依据《刑事诉讼法》第四百六十条，检察官应速将该案卷宗送交司法行政最高机关（亦即法务部）。而依同法四百六十一条之规定，经法务部令准，执行检察官于收到法务部之令准后，若无刑事诉讼法第四百六十一条但书之事由（亦即无提起再审或非常上诉之可能），必须于令到后三日内执行死刑。《死刑执行规则》第二条规定，执行时，先由检察官会同看守所所长莅视验明，并核对人犯人相表﹑指纹表后送监执行，其因他案在监狱执行中者，会同典狱长办理。执行前后应拍下受刑人相片，报部备查。而若死刑犯有器官捐赠之意愿时，应签署捐赠器官同意书。
执行死刑之方法，依据《监狱行刑法》第九十条以及《死刑执行规则》第三条之规定，应以药剂注射或枪毙，在监狱特定场所执行之。执行枪毙时，应令受刑人背向行刑人，其射击部位定为心部，行刑人应于受刑人背后偏左定其目标，但行刑人与受刑人距离，不得逾二米。而对捐赠器官之受刑人，检察官得命改采射击头部右后耳根之执行死刑方式。通常死刑犯会系上脚镣，一天只允许在做运动的三十分钟内离开囚房。
台湾死刑制度，一个人被判决死刑定谳后，要等待法务部部长签发死刑执行命令，方才执行。一个标准的执行死刑团队，包括执行检察官（俗称监斩官）、法医、书记官、法警队长、执行法警（枪手）两人、戒护法警两人，若死刑犯同意捐器官，另设有医疗队。现在执行死刑时，多半选在18时至21时，并用配有灭音器的国造T75型手枪，但早年使用的枪械亦不固定，常使用步枪或卡宾枪行刑，尤其是警总等机关。
早年多选在清晨5时到6时，取“不走夜路”之意，但这样常使死囚一夜难眠，生怕脚步声，且枪声又容易惊扰周围居民，而改至夜间行刑，有些人认为这个作法不错，因为台湾民间信仰中“日出时阴司封门，如无鬼差牵引，无法进入地府”。被执行死刑前两到三小时，狱方会通知死囚“执行命令已经签发，今日几时几分送您上路”，如有信仰者可请神职人员（法师、牧师、神父等）来做临终祈祷或诵经。而此时，执行死刑团队工作人员往往齐聚一堂，礼拜狱中的地藏菩萨佛像，祈祷执行顺利。
执行时检察官要到达法场，验明死囚身份无误，执行前先再最后一次听讯（通常都是问死囚是否悔悟，并听取遗言），而后死囚会得到一个不错的便当，称为“最后一餐”，希望能在行刑后，亡灵能够体力充沛地到达阴间，根据各看守所的传闻，其餐点大致上为白饭、卤蛋、鸡腿、焢肉（或香肠、猪肝等）、海带（或青菜、竹笋）、豆干等菜色，以及一包烟和一小瓶高粱酒，在监狱的迷信认为：饭菜可以不吃，却至少要咬一口卤蛋，“吃蛋，好完蛋”，避免死刑过程多受折磨。1980年以前并不为死囚注射麻醉剂，所以大多数死囚都会将高粱酒一饮而尽，以求减少痛苦。
用餐完毕后，死囚被送入看守所的法场，趴在法场的沙地上，一般法场亦有供奉另一尊地藏菩萨，常会向地藏菩萨烧香，请菩萨监视正法的情况，一来保佑死囚能安心上路，二来保佑执法人员免受煞气干扰。死囚只要口头申请，即可先由法医将死刑犯麻醉（死囚亦可选择“不麻醉”），法医会在心脏或小脑相对位置做记号，当法医验证药效产生后，便可由法警开枪。开枪的位置为心脏（从背后开枪）或小脑（从右后耳根开枪），执行后约十到二十分钟，由法医验尸，确认是否死亡，若没有死亡，则继续射击直至死亡；若同意器官捐赠时，多以向头部开枪的方式枪决以保障器官完整，而死囚在处决后便会送至医院移植器官。
执行完毕后，第一步就是死囚的脚镣等解开（意喻“解放灵魂”），死囚会在脚镣上系上新台币一千元的钞票，赠送给枪决后给解开脚镣的法警，谢谢他解放了自己的灵魂，但这一千块必须快点花掉，许多法警会拿来宴请所有法警队友，或者次日清晨捐献庙宇香火钱。且这一副死囚脚镣非常抢手，许多死囚会设法索讨，并戴在脚上，监狱的迷信认为：同一副脚镣，不能使两个人被枪毙。
传统上，所有法场的工作人员都会在执行后洗手，并喊著“洗手不干了”；如果衣物沾到死囚的血，一定要换洗或丢弃，否则会遭到死者怨灵报复。在法场不互称名字，改以代号或者手势示意，避免死者怨灵惦记，由于台湾民间信仰上仍对被处决的亡灵相当畏惧，因此在行刑后狱方法警会在法场烧纸钱，供奉死囚亡灵。
若受死刑谕知之人犯，有心神丧失或怀孕之情形时，则依《刑事诉讼法》第四百六十五条，由法务部命令停止执行。且于其痊愈或生产后，非有法务部命令，不得执行。
关于执行死刑之地点，中华民国在戒严时期，自1949年开始，政治犯都在马场町或国防医学院后方的新店溪河床执行死刑。从1950年代中期至1980年代末期，政治犯以及因戒严令之故，被军法处死的平民均改在新北市新店区的安坑刑场（位于新店区安华路，原“国防部新店监狱”，现“台湾新店戒治所”后方）处决。中华民国自1987年解严后，监狱行刑法虽规定死刑需于监狱内执行，但实务上因死刑犯均羁押在二审看守所，为避免执行前将死囚移监所产生的戒护成本及风险，刑场均以“监狱分监”方式附设于二审看守所内，计有新北市土城区的台北看守所、台中市南屯区的台中监狱（台中看守所与台中监狱仅一墙之隔，刑场设于监狱侧）、台南市归仁区的台南看守所（台南看守所与台南监狱仅一墙之隔，刑场设于看守所侧）、高雄市燕巢区的高雄第二监狱（实务上高雄看守所附设于此）和位于花莲县吉安乡的花莲监狱（因花莲看守所位于花莲市市区，老旧狭小无法扩建刑场，故将刑场设于花莲监狱，执行死刑前仍需将死囚移监）五所监所设有刑场，分别负责执行台湾高等法院、台中高分院、台南高分院、高雄高分院、花莲高分院所判决管辖的死刑案件。北部地区因都会型态，人口密集，且为政治、经济中心，约六成的死刑系于台北看守所执行；而花莲高分院所辖的花莲、台东两县因人口少且民风纯朴，自政府迁台至今仅执行过十八人死刑，自1999年10月12日执行走私海洛因嫌犯王再兴、周家杰的死刑令后，直到2013年4月19日相隔13年半才再度执行一名身背三条人命的强盗杀人犯张胞辉的死刑令，另一身背两条人命的性侵杀人犯戴文庆，亦于2014年4月29日枪决，成为唯一未收容死刑犯之二审看守所
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