衡阳市文化市场综合执法局根据其职能，设置了多个内设机构以确保高效管理与监督:
1. 办公室: 负责全局工作的综合协调和督办，包括文秘、会务、机要、档案、统计等工作。它还负责信息管理、安全保密、信访、政务公开、综合治理、计划生育、接待以及机关后勤服务。财务和资产管理也在其职责范围内。
2. 人事科: 负责机构编制、人事管理、劳动工资、考核奖惩和干部队伍建设。此外，它还负责党务、群团、宣传教育工作，以及离退休人员的管理服务。
3. 法规科: 主要负责相关法律法规的宣传，制定实施办法，对机关文件的合法性进行审核，处理案件审查、监督、行政复议等工作，以及文化市场执法人员的培训和案件管理工作。同时，它还负责处理人大代表建议和政协委员提案。
4. 执法监督科(举报中心): 主要负责对县(市)和南岳区的执法工作进行指导、协调和监督，处理文化市场违法违规行为的举报、投诉，并负责举报案件的登记、督办和回复，以及信息平台建设和“扫黄打非”相关工作。
5-10. 执法一至六科: 分别负责新闻出版、文物市场、演出市场、娱乐市场、艺术品市场、网络文化市场等领域的监督检查，查处违法违规行为，同时处理省以上批转的重大案件。
最后，纪检(监察)机构的设置遵循相关规定，负责监督和纪律审查工作。