老板可以尝试在自己的门店安好监控，也可以通过行之有效的收款系统来解决这个问题。
在现代社会，对于很多开门店的人来说，因为一个门店的单独盈利会比较少，所以有些人会通过开多家门店的方式来提高自己的总盈利。在这种情况之下，老板不仅需要关注自己的营收情况，同时也需要关注如何正确管理身边的店长和员工，后者对于一家门店的运营反而会更加重要。
1、第1种方式是在门店安装监控。
这个方式其实已经非常普遍了，如果老板担心店长或员工贪污的话，老板可以选择在门店中安装监控，通过这种方式来监视员工的一举一动。除此之外，这个方式也可以有效保护门店的安全，更可以避免顾客出现偷窃商品的情况。特别是对于那些便利店来说，因为便利店的商品一般会比较小，所以几乎所有的便利店都会通过安装监控的方式来保证货品安全。
2、第2种方式是建立收款系统。
在一个门店新开张的时候，很多门店的老板可能会通过现金收款和二维码收款的方式来处理自己的收款系统。事实上，如果想要进一步提高自己的管理能力的话，门店的老板就需要建立行之有效的收款系统，市面上也会有很多成熟的收款系统可供使用。特别是对于那些门店的加盟商来说，几乎所有的加盟商总部都会给加盟商免费使用收款系统。
总的来说，虽然老板个人不在店铺或门店当中，但老板完全可以通过适当的管理方式来约束店长和员工的行为。对于老板来讲，老板继续要充分信任自己身边的员工，同时也需要通过客观的管理方式来维护店铺的基本权益。
我个人觉得要防止营业人员做假账的话，那就必须要控制住进货那边的账单。以下是我个人的建议:
1.必须要求营业人员把每次进货的流水账单打出来。
2.每次进货与货源方核实流水账单。
3.制动一个严格的规章奖罚制度。
其实，会出现这个情况，都是跟老板的管理方式有很大关系，所以可以从以下几点去管理店铺：
1、老板自身的综合素质，例如，态度，待人接物对待员工的态度尤其重要；
2、胸怀:作为老板必须有一定的胸怀，大气，不能斤斤计较；
3、利他:在保证自己正常收益的前提下，给员工超越其期望的薪水，钱不是一个人赚的。
4、管理:必须针对自己的实际情况，设计一套行之有效的管理激励机制，明确各自分工，奖励条件等等一系列规定。
5、格局:老板针对自己所从事的行业要有一定的发展规划，让员工有奔头，有方向、有目标，并且让你的发展规划深入人心，把你的目标变成每一个员工的目标！
唯有前期做到以上几点，以至于老板到不到店面都没有多大关系。
总结：不想这种情况出现，对老板、店员和自己三方面都有交代。我们要对得起老板的信任，把店当作自己的生意一样敬业经营，不谋私利。店员做错事情当然要批评，能力不够当然要指导，但是把他们当作弟弟妹妹一样爱护照顾。
明白自己的角色：给老板打工的，注意保护自己。超越自己职责和权限范围的事情尽早向老板报告，特别是内部关系，店员是与老板存在雇佣关系（不是和自己），自己只是一个代理人。
以上就我个人的见解，希望对你有帮助。