牙周翻瓣术的疗效显著依赖于患者的个人因素和后续维护。当患者能有效控制菌斑并坚持牙周维护，翻瓣术能有效消除深牙周袋，防止牙周炎恶化，保持长期的治疗效果。Rosling和Nyman的研究发现，未遵循牙周维护治疗的患者，牙周探诊深度在2年内可能回退，而坚持治疗的患者则能持续降低探诊深度，牙周炎状况明显改善。
在选择牙周翻瓣术或闭合刮治术时，除了考虑手术适应症和禁忌症，还需根据牙位的探诊深度。Lindhe的研究指出，对于切牙和前磨牙，深于6~7mm的牙周袋，翻瓣术效果更佳；而对于磨牙，当牙周袋深度大于4.5mm时，翻瓣术优于闭合刮治，因为磨牙根分叉区的治疗难度较大。
对于伴有牙槽骨吸收的牙周炎，牙周翻瓣术可促进骨再生，填补缺损，有助于病情好转。Lang等人的研究总结了15篇相关论文，表明523个骨缺损平均通过翻瓣术得到1.5mm的骨再生。
然而，翻瓣术后可能出现牙龈退缩，因为手术改变了牙龈组织结构。Becker的研究指出，深牙周袋位点的牙龈在术后可能明显退缩，但Lindhe和Nyman的研究表明，随着时间的推移，这种差异会逐渐减小，牙龈边缘会向牙冠方向移动。
牙周翻瓣术，指采用不同的手术切口，将牙龈与下方的组织分离，形成牙龈组织瓣，暴露病变区的根面和牙槽骨，提供清创入路和可视性。刮除病变组织和菌斑牙石后，将牙龈瓣复位在合适的位置上并缝合，达到消除牙周袋或使牙周袋变浅的目的。