苏州大学附属儿童医院是一家拥有多个特色科室的医疗机构，其中包括小儿骨科。该科室是江苏省临床重点专科，与英国皇家骨科医院保持着紧密合作，尤其在小儿脑瘫治疗、肢体延长和脊柱侧凸矫治方面享有独特的技术优势。他们创新性地引进了经皮注射自体骨髓移植治疗小儿骨囊肿，这种方法创伤小、效果显著。
新生儿科作为江苏省和苏州市的重点临床医学专科，由著名儿科专家何馥贞教授创立，是国内新生儿临床、教学和科研的重要基地。该科室每年救治数千名危重新生儿，覆盖苏南及部分苏北地区，抢救成功率高达80%以上。拥有现代化的新生儿重症监护病房，技术国内领先，擅长处理新生儿缺氧性脑损伤等多种疾病。
血液科由彭大恩教授创立，是国内儿科血液病研究和临床的重要基地，具有较高的学术地位。科室人员专业素质高，多次获得科技奖项。血液科在白血病等疾病的治疗上成绩斐然，积极参与国内外学术交流，研究领域广泛且深入。
普外科是苏南最早的小儿外科专业，在小儿肠缺血再灌注损伤等领域的研究达到国内先进水平，脾切除治疗小儿特发性血小板减少性紫癜效果显著。此外，肾脏科由蒋百康教授建立，是国内小儿肾脏病医疗、教学和科研的中心，采用多种治疗方法治疗难治性肾病，肾活检技术在国内外都处于前列。
呼吸科由陈务民教授创建，致力于儿童呼吸系统疾病的防治，尤其在哮喘的临床研究和防治方面具有显著成就。医院配备了先进的肺功能仪，提高了呼吸相关疾病的确诊和治疗水平。
苏州大学附属儿童医院，又名苏州市儿童医院，位于江南历史文化名城苏州市中心繁华地段，隶属于江苏省卫生厅。医院现有职工600余名，卫技人员近500名，其中高级职称60余名。医院目前占地面积18170平方米，实际开放床位362张。