完全浸没在水中的种子不能萌发的原因是缺乏空气。
种子萌发的发育阶段：
在种子萌发的发育阶段，大致可以分为5个阶段，第1个阶段就是吸胀，这个时候总之会开始汲取大量的水分发胀，这是萌发的开始；第2个阶段则是水合酶的活化。
第3个阶段是细胞分裂和增大；第4个阶段是胚突破种皮；第5个阶段是长成幼苗。一般植物只又完成了这5个阶段，总之萌发才算是发育完成。
种子萌发的自身条件：
种子萌发的自身条件，首先就必须有一个完整且具有强大生命力的胚胎，而且在种子当中还需要有足够的营养储备，这样才能够有充足的营养来促进萌发，那些干瘪的种子往往都是缺少营养的表现。
除此之外，种子还要处于不休眠状态才能够萌芽，很多种子即便是外界条件再适宜，也得等一段时间才能够萌芽的原因，就是因为这一段时间是处于休眠期。
可能是因为种皮比较厚实，所以不能吸收水分，也可能是因为种子当中含有抑制种子萌芽的物质，所以要促进种子萌芽，必须针对不同的原因来亲解除休眠才行。
种子萌发的外界条件：
1、充足的水分
休眠的种子含水量一般只占干重的10%左右。种子必须吸收足够的水分才能启动一系列酶的活动，开始萌发。
不同种子萌发时吸水量不同。含蛋白质较多的种子如豆科的大豆、花生等吸水较多；而禾谷类种子如小麦、水稻等以含淀粉为主，吸水较少。一般种子吸水有一个临界值，在此以下不能萌发。
2、适宜的温度
各类种子的萌发一般都有最低、最适和最高三个基点温度。温带植物种子萌发，要求的温度范围比热带的低。如温带起源植物小麦萌发的三个基点温度分别为：0～5℃，25～31℃，31～37℃；而热带起源的植物水稻的三基点则分别为10～13℃，25～35℃，38～40℃。
还有许多植物种子在昼夜变动的温度下比在恒温条件下更易于萌发。例如小糠草种子在21℃下萌发率为53%，在28℃下也只有72%，但在昼夜温度交替变动于28℃和21℃之间的情况下发芽率可达95%。