药王山庙会的主要活动内容是：
上洞换锁。二月初二这天，药王山附近的人们就会重新打开药王大殿的洞门，这洞门只有在每年的庙会时才会开启。人们为了祈求孩子平安健康，通常会在孩子的脖子上套上一种锁状的项圈，这种项圈每年一换。一到庙会，人们就带着自家孩子，由住持取旧戴新“换锁”，直到12岁。
祭神朝拜。药王大殿等庙宇会在庙会之前进行一次彻底的整理和清扫，悬挂灯笼，为远道而来的香客们准备温馨舒适的住所。庙会期间，人们会带着准备好的上供用品香烛，从四面八方前来朝拜药王。
演戏助兴。药王庙会为期10天，唱戏就占了整整6天，献台的大都是从关中请来的有名秦腔剧社。
庙会期间，进山的道路两旁满满地摆放着各种土特产品，人们朝拜完之后，总要从商贩手中买一些土特产回家，当然，一定要折上一点柏枝用来消除灾病。
庙会的最后一天，也就是二月十一，是整个庙会的高潮。这天晚上，从耀县东门外一直到山脚下，沿路都是点燃的“路畔灯”，顺着这些路畔灯，每隔一丈就会放置一个竹竿，一直到药王大殿太玄门口。
夜幕降临之后，开始点灯仪式，从东门开始相继点燃，像一条龙蜿蜒盘山而上，直到药王大殿为止。
接着，就是整晚的唱戏，前夜一大本，后夜一大本，等到天际泛起了鱼肚白，戏也演完了。这时候，商贩和朝山者们开始陆续撤离药王山，结束一年一度的药王山庙会。
据说过了这天，老天爷总要下一场“洗山雨”，洗干净人们上山带来的凡尘和垃圾。