起初，二者是不同的（可以说是氏族，呵呵）；后来在传说中却合二为一了。
论据如下。
太昊是东夷集团最早的氏族，太昊最早出现在《左传》。
《左传·昭公十七年》说：“陈，太昊之虚。”陈就是今河南省淮阳，今存占地875亩的太昊伏羲陵、太昊伏羲故都宛丘城和太昊伏羲画卦台。太昊的子孙封地为任、宿、须句、颛臾。
与伏羲相伴的是女娲。女娲始见于《楚辞·天问》，《礼记·明堂位篇》、《山海经·大荒西经》，后二者只能算汉代的典籍。
女娲与伏羲并称始见于《淮南子·览冥篇》。伏羲、女娲以兄妹或夫妇，成为人类开天辟地的一对人祖，历史发展到了战国时代，距伏羲时代已经4000余年了。
郭沫若在《中国史稿》中说：“太昊，号伏羲氏。据说，伏羲作卦已是父系社会的事了。据记载，'陈，太昊之墟也'，今河南省淮阳县。那么，太昊应当是淮河流域的氏族部落想象的祖先了。”
历史的综合并非憾事，例如把神农、炎帝合二而一，又反神农与烈山氏之子柱合二而一，而后又把炎帝、神农、柱三人综合为一人，为什么？烈山氏地域在今湖北随县境，炎帝遂成江汉民族的酋长；其实炎帝根本不是神农。《史记·封禅书》说：“神农封泰山，禅云云；炎帝封泰山，禅云云。”在氏族林立的原始农业社会，同时进入农业时代是不足为怪的，然而他们合二而一，成了农业时代艺五谷的祖先。正象炎帝非神农、二人合而为炎帝神农一样，太昊是太昊，伏羲是伏羲，二人合而为太昊伏羲。
但是，我们可以断定，太昊所处的时代非常古远。而伏羲所处的时代同样非常古远，太昊处在渔猎时代，伏羲也处在渔猎时代，先民一谈起渔猎时代，谈起太昊，或谈到伏羲，或既说太昊，又说太羲，这些统化了先民口头传说的渔猎时代祖先，便为太昊、伏羲所占有了。天长日久，几千年同几百年一样地传说下去，说不上精确的综合，不否定历史传说，久远的年代之后，在经过氏族融溶同化，东夷集团、南蛮集团及华夏集团的先民，说起渔猎时代的远祖，便是太昊伏羲了。至于东夷集团的太昊和南蛮集团的伏羲，是什么时代通的户、合的家，谁也说不清。这时候，统一的中华民族概念便产生了。这个演生的过程是漫长的，但历史意义是巨大的。
《史记·封禅书》说：“虑戏登泰山，禅云云；神农登泰山，禅云云；炎帝登泰山，禅云云。”泰山和云云山皆在山东境内。如果南蛮的伏羲同东夷的太昊没有合二而一，伏羲怎么到东夷内封禅呢？从这里可以看出，在司马迁以前，太昊和伏羲已经合为太昊伏羲了。
太昊成了伏羲的号和别名。
从这里我们可以看出，中华民族始祖太昊伏羲氏地位的确立和记载，历经了从先秦之前到春秋战国，到汉的近千年，从口头传说到文字记载，文字记载到争论决择，最后记人简策，其间的时间是漫长的。这是数代人经过战争等各种方式确立的，而不是哪一个人所能妄断决定的。其实，对自己民族的始祖何止先秦之前，而是数千年之前氏族与氏族的融合，部族之间的融合。战争的蜂起，岁月的流失，对先民说来，许许多多事都可以忘却，然而自己的创世始祖却一代接一代地传承。从口碑到甲骨文到金文到仓颉文字记载，其间的时间相当遥远。象甲骨文虽为文字，但百分之八十以上，其字如画，后人继承运用时其差异是难免的。特别是大的战争灾难降临，天下大乱之后。这时期也往往是文化比较发达的时期，一些贤士哲人面对纷乱的各种口碑或记载，他们从大量的口碑和资料中，看到差异的同时，同时也感到资料的不足。因此，使探讨难以决断。但是，历史是要前进的，人类的文化是要发展的。这是不以人的意志为转移的客观规律。当天下大乱之际，特别是天下统一之后，如华夏集团、东集集团、南蛮集团大融合后，又例如春秋战国时期。贤士哲人便从大量的积累中进一步探讨，以寻找大统一后天下人都能接受的始祖和理论，以代表天下。这当然是一种非常严肃的文化现象，即各部族不忘其祖，又要确立共同的创世祖先，使各民族都能承认。当然，这个工作非短时期所能凑效，他们的计时法是三五百年同2000年一样，天下人才能接受。太昊伏羲氏成为中华民族的创世始祖，便是在这样的背境下所诞生。
传说的条件和环境是数千年的口碑，原始宗教的崇拜是先民心灵的支柱。历史的因素、生存的因素、自然的因素、民族的因素等等因素，往往淹没了诸多反映本来面目的科学因素。太昊伏羲之所以被后世尊为“人类始祖”、“三皇之首”、“百王先”、“中国一人”、“龙的祖先”等，揭开迷朦的历史雾瘴，从历史长河里，请出的一位具有中华民族特点、代表中华民族、开天辟地、人神合一的祖宗太昊伏羲便自然而然了。
悠悠乎，中华文明六千年的始祖。
昊昊乎，三皇五帝之首太昊伏羲。
参考资料：《史话太昊伏羲陵》作者：杨复竣 中州古籍出版社