自来水余氯浓度过高的话，主要危害有：
1、刺激性很强，对呼吸系统有伤害。
2、易与水中有机物反应，生成氯仿、三氯甲烷等致癌物。
3、作为生产原料的话，有可能起不良作用，如用其生产黄酒产品时，对发酵环节的酵母菌有杀菌作用，影响酒质。
因为自来水净化一般是使用氯气，而残留的余氯在加热的过程中会生成三氯甲烷这种致癌物，长期饮用会对人体造成非常大的危害。尤其是近年来水源污染越发的严重，直接导致自来水中余氯含量的增加。
所以直接饮用自来水烧的开水也不是健康的选择，对自来水进行再净化是关键。经过净水设备净化后的自来水称为直饮水，在保留对人体有益的矿物质的基础上吸附自来水中的余氯和其他有害物质，是真正健康的水。
添加氯，作为一种有效的杀菌消毒手段，仍被世界上超过80%的水厂使用着。所以，市政自来水中必须保持一定量的余氯，以确保饮用水的微生物指标安全。
但是，当氯和有机酸反应，就会产生许多致癌的副产品，比如三卤甲烷等。超过一定量的氯，本身也会对人体产生许多危害，且带有难闻的气味，俗称“漂白粉味”。
加氯消毒一般是指向水中通入氯气杀死细菌等微生物，通常是采用瓶装氯气。
1、游离氯——氯气在水中生成HClO和ClO-,HClO和ClO-之和称为"游离氯"。其中游离氯对细菌等微生物有很强的灭杀作用，是游离氯中的有效杀毒成分，所以也将HClO称为"有效游离氯"。
2、化合氯——在游离氯起杀菌作用之前，由于水中溶有铵离子、有机物的各种杂质，这些杂质会首先与游离氯反应，耗去一部分游离氯。
例如，游离氯会迅速与溶液中的铵离子形成单氯胺和二氯胺。在较长一段时间里，游离氯还会与有机化合物(例如蛋白质和氨基酸)起反应，形成各种有机氯化合物。氯胺和有机氯化合物一起叫做化合氯。
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